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文献类型:期刊文章
LI Liang;YANG Cai-xia;HOU Qiu-shi;WANG Jun-zhu;YU Mei-chun(College of Life Science and Engineering/Liaoning Key Laboratory of Urban Integrated Pest Management and Ecological Security,Shenyang University,Shenyang 110044)
机构地区:[1]沈阳大学生命科学与工程学院/辽宁省城市有害生物治理与生态安全重点实验室,沈阳110044
基 金:辽宁省自然科学基金项目(20180550863)。
年 份:2020
卷 号:51
期 号:4
起止页码:446-453
语 种:中文
收录情况:AJ、BDHX、BDHX2017、CAB、CAS、CSCD、CSCD2019_2020、IC、JST、RCCSE、ZGKJHX、核心刊
摘 要:2016年6月在辽宁省沈阳市采集到表现为疑似蚕豆萎蔫病毒2号所致皱缩症状的藜病叶样品。选取明显病症样品送华大基因进行RNA提取和质量检测,得到OD260/280为2.09,OD260/230为1.85,RIN值为7以及28S/18S为1.3的合格样品。利用该RNA样品构建了去除rRNA的转录组库,经BGISEQ-500平台测序得到11.83 Gb数据。数据经过CLC Genomics Workbench(CLC bio v10.0,Aarhus,Denmark)软件过滤和拼接后获得长度为5945和3550的2个contigs,其经BLASTn和BLASTx比对显示与BBWV2的高度同源。基于此contigs序列,设计7对引物对病毒样品进行RT-PCR扩增,得到5891个核苷酸的RNA1序列(GenBank登录号为MN786954),3549个核苷酸的RNA2序列(GenBank登录号为MN786955)。基于该病毒cp基因的氨基酸序列进行同源性分析,发现该病毒与韩国益母草分离物BBWV2-[SK:Leonurus sibiricus](KM076649)同源性最高,为96.5%。根据Fabavirus的分类标准,认为该病毒是BBWV2的辽宁分离物。这是国际上首次报道藜科植物感染BBWV2。
关 键 词:Fabavirus 蚕豆萎蔫病毒2号 藜 分子特征
分 类 号:S432.1]
参考文献:
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引证文献:
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