文献类型：期刊文章

作　　者：彭劲谕[1] 朱泽莉[1] 李恩良[2] 王大玮[1] 唐红燕[3] 段安安[1]

Peng Jingyu;Zhu Zeli;Li Enliang;Wang Dawei;Tang Hongyan;Duan Anan(Key Laboratory for Forest Resource Conservation and Utilization in the Southwest Mountains of China,Key Laboratory for Forest Genetic and Tree Improvement and Propagation in Universities of Yunnan Province,Forestry College,Southwest Forestry University,Kunming,650224;Yunnan Province Mojiang Xiqiao Provincial Nature Reserve Management Bureau,Puer,654800;Puer City Institute of Forestry Sciences,Puer,665100)

机构地区：[1]西南林业大学林学院,云南省高校林木遗传改良与繁育重点实验室,西南山地森林保育与利用省部共建教育部重点实验室,昆明650224 [2]云南省墨江西岐桫椤省级自然保护区管护局,普洱654800 [3]普洱市林科所,普洱665100

出　　处：《分子植物育种》

基　　金：国家林业和草原局林业科技发展项目(KJZXSA2019036);云南森林资源培育与利用协同创新中心开放基金共同资助。

年　　份：2020

卷　　号：18

期　　号：16

起止页码：5419-5427

语　　种：中文

收录情况：BDHX、BDHX2017、CAB、CAS、CSCD、CSCD_E2019_2020、JST、ZGKJHX、核心刊

摘　　要：利用Illumina NovaSeq 6000对云南栘(木衣)进行高通量转录组测序,使用MIcro SAtellite identification tool (MISA)分析转录组中SSR位点分布类型与特征。组装获得云南栘(木衣) 111 655条Unigene,并搜索检测到32 360个SSR位点,出现频率为28.98%,分布平均距离为3.76 kb。其中以二核苷酸所占比例最高(46.75%),其次是单核苷酸(34.70%)和三核苷酸(17.10%)。在单核苷酸的重复类型中,A/T重复基元占有较大比例(33.01%);二核苷酸各重复类型所占比例差距较大,分别为:AG/CT (39.76%)>AT/TA (3.71%)>AC/GT(3.20%)>CG/CG (0.09%);三核苷酸各重复类型及其所占比例依次为AAG/CTT (4.52%)、AGG/CCT (3.51%)、ACC/GGT (2.33%)、AGC/CTG (2.28%)和ATC/ATG (1.20%),而AAC/GTT、AAT/ATT、ACG/CGT、ACT/AGT、CCG/CGG基元所占比例较低。在云南栘(木衣)转录组中,由于云南栘(木衣) SSR具有高出现频率,高重复类型和高多态性,为其SSR开发和遗传多样性分析等研究提供科学的数据参考。

关 键 词：云南栘(木衣)  转录组 高通量测序 微卫星 特征分析  

分 类 号：S792.99]