文献类型：期刊文章

作　　者：公培民[1] 宁书菊[2] 叶齐[1] 于剑[1] 赵璇璇[1] 沈继伟[1] 马小毛[1] 蔡国倩[1] 胡永乐[1,3] 魏道智[1]

Gong Peimin;Ning Shuju;Ye Qi;Yu Jian;Zhao Xuanxuan;Shen Jiwei;Ma Xiaomao;Cai Guoqian;Hu Yongle;Wei Daozhi(Fujian Provincial Key Laboratory of Agroecological Processing and Safety Monitoring,College of Life Science,Fujian Agriculture and Forestry University,Fuzhou,350002;Key Laboratory of Crop Ecology and Molecular Physiology,Fujian Province Universities,College of Crop Science,Fujian Agriculture and Forestry University,Fuzhou,350002;Ecology and Engineering College,Wuyi University,Wuyishan,354300)

机构地区：[1]福建农林大学生命科学学院,福建省农业生态过程与安全监控重点实验室,福州350002 [2]福建农林大学作物学院,福建省高校作物生态与分子生理学重点实验室,福州350002 [3]武夷学院生态与资源工程学院,武夷山354300

出　　处：《分子植物育种》

基　　金：国家自然科学基金面上项目(81573517);福建省自然科学基金面上项目(2019J01827)共同资助。

年　　份：2020

卷　　号：18

期　　号：12

起止页码：4000-4008

语　　种：中文

收录情况：BDHX、BDHX2017、CAB、CAS、CSCD、CSCD_E2019_2020、JST、ZGKJHX、核心刊

摘　　要：本研究利用Illumina HiSeqTM 2000对马蓝转录组进行高通量测序,使用软件MicroSAtellite(MISA)分析转录组中的SSR位点信息。通过组装马蓝转录组数据获得了51381条Unigene,并对获得的Unigene进行SSR检测,共检测到8471个SSR位点,其分布在6782条Unigene中,出现的频率为16.49%。SSR中以二核苷酸和三核苷酸重复类型为主,其中二核苷酸以重复单元AT/TA为主,占18.14%,其余类型的重复单元相对较少。SSR所在序列功能注释结果显示在Nr和SwissProt中分别有5932和4285条序列被注释,同时SSR所在序列还被注释到47个GO分类,25个KOG分类和29个KEGG代谢通路中。通过设计、筛选,共获得5819对引物组合,随机挑选的18对引物中有13对引物扩增出符合预期大小的条带。马蓝SSR出现的频率高,重复种类丰富,为研究马蓝遗传多样性、基因定位和品质改良等提供了科学依据。

关 键 词：马蓝(Baphicacanthus cusia)  转录组 SSR

分 类 号：S567.239]