文献类型：期刊文章

作　　者：王晖[1] 谢岩[1] 高玉军[1] 李季生[1] 王彬彬[1] 高妍夏[1]

WANG Hui;XIE Yan;GAO Yujun;LI Jisheng;WANG Binbin;GAO Yanxia(Institute of Sericulture of Chengde Medical University/Applied Technology R&D Center of Sericulture and Specialty of Hebei Universities,Chengde,Hebei 067000,China)

机构地区：[1]承德医学院蚕业研究所/河北省高校特产蚕桑应用技术研发中心,河北承德067000

出　　处：《石河子大学学报（自然科学版）》

基　　金：河北省科技计划项目(16226322D);河北省自然科学基金-青年科学基金项目(C2018406033);承德医学院青年基金项目(201823);承德医学院院级科研项目(201420)。

年　　份：2020

卷　　号：38

期　　号：3

起止页码：325-330

语　　种：中文

收录情况：BDHX、BDHX2017、CAS、JST、RCCSE、ZGKJHX、核心刊

摘　　要：单核苷酸多态性(SNP)/插入缺失(Indel)作为基因组中最丰富的变异位点,已成为农作物中最重要的辅助育种标记。桑葚是一种营养价值较高的水果,目前果桑品种选育方法仍然以传统育种方法为主,缺乏足够的SNP/Indel标记。本研究对3个时期"安葚"果实进行转录组测序,鉴定并分析桑葚转录组序列中SNP/Indel位点的特征,将含有SNP/Indel位点的Unigene通过GO、KOG/COG、KEGG数据库进行比对。结果表明:转换类型为SNP的主要类型。绿果期与黑果期转换类型中以A/G型最多,颠换类型中以A/T型最多。红果期转换类型以C/T型最多,颠换类型中以A/T型最多。Indel片段的长度以1、2、3 bp为主,大于10 bp的缺失突变数量远大于插入突变数量。分别有28 345、6 299、5 737条序列的功能在GO、KOG/COG、KEGG数据库得到注释。从KEGG注释结果中筛选出122个与花青素、黄酮类合成相关且含有SNP/Indel标记的基因。果桑SNP/Indel标记数据库将在品种的选育、鉴定方面展现良好的应用前景。

关 键 词：桑葚 转录组 单核苷酸多态性 插入缺失  功能注释

分 类 号：S663.9]