文献类型：期刊文章

作　　者：刘蒙蒙[1,2,3] 邢咏梅[1] 郭顺星[1]

LIU Meng-meng;XING Yong-mei;GUO Shun-xing(Institute of Medicinal Plant Development,Chinese Academy of Medical Sciences and Peking Union Medical College,Beijing 100193,China;College of Traditional Chinese Medicine,Hebei University,Baoding 071002,China;Institute of Bioinformatics and Medical Engineering,School of Electrical and Information Engineering,Jiangsu University of Technology,Changzhou 213001,China)

机构地区：[1]中国医学科学院、北京协和医学院药用植物研究所,北京100193 [2]河北大学中医学院,河北保定071002 [3]江苏理工学院电气信息工程学院,生物信息与医药工程研究所,江苏常州213001

出　　处：《药学学报》

基　　金：国家自然科学基金资助项目(81773843,81973425);河北省教育厅基金资助项目(QN2018128);北京协和医学院学科建设项目(201920100901).

年　　份：2020

卷　　号：55

期　　号：5

起止页码：1050-1055

语　　种：中文

收录情况：AJ、BDHX、BDHX2017、CAB、CAS、CSCD、CSCD2019_2020、EMBASE、IC、JST、PUBMED、RCCSE、SCOPUS、WOS、ZGKJHX、核心刊

摘　　要：本研究以猪苓转录组数据(SRP058382)为基础,利用BLASTx和ESTScan对猪苓的CDS进行预测,共筛选出332条unigenes,再利用CodonW分析这些基因密码子使用偏向性。结果显示,猪苓基因密码子GC含量范围在44.51%~64.6%,平均含量为53.57%, GC3平均含量为57.98%,说明猪苓基因偏向使用以G或C结尾的密码子;ENC值在38.46到61之间,说明其密码子偏向性较弱;中性绘图分析及ENC-plot曲线分析显示,猪苓基因GC12与GC3的回归系数为0.075,说明GC12和GC3的相关性微弱,并且大部分基因ENC值偏离了理论值。这些分析表明在猪苓基因的密码子使用偏向性的形成过程中,突变和选择压力等诸多因素都发挥着重要作用。通过高表达优越密码子分析确定了猪苓基因中22个最优密码子,多以G或C结尾。研究结果为猪苓的转基因研究中载体的选择及分子进化研究提供理论依据。

关 键 词：猪苓 转录组 密码子偏向性  最优密码子  

分 类 号：R931]