文献类型：期刊文章

作　　者：崔哲[1,2] 左力辉[1] 韩坤瑾[1] 李玉言[1] 杨敏生[1]

Cui Zhe;Zuo Lihui;Han Kunjin;Li Yuyan;Yang Minsheng(Hebei Key Laboratory for Tree Genetic Resources and Forest Protection,College of Forestry Science,Agricultural University of Hebei,Baoding,071000;Key Laboratory of Pharmacutical Quality Control of Hebei Province,College of Pharmaceutical Sciences,Hebei University,Baoding,071002)

机构地区：[1]河北农业大学林学院,河北省林木种质资源与森林保护重点实验室,保定071000 [2]河北大学药学院,河北省药物质量分析控制重点实验室,保定071002

出　　处：《分子植物育种》

基　　金：转基因生物新品种培育重大专项(2018ZX08020002);河北省基础研究计划项目(18966801D)共同资助。

年　　份：2020

卷　　号：18

期　　号：11

起止页码：3683-3692

语　　种：中文

收录情况：BDHX、BDHX2017、CAB、CAS、CSCD、CSCD_E2019_2020、JST、ZGKJHX、核心刊

摘　　要：以毛果杨全基因组数据为试验材料,探究其SSR位点的分布模式及规律,通过分析可知,毛果杨全基因组全长307840768 bp,共存在726种SSR重复单元,213634个SSR位点,平均每1441 bp出现一个SSR位点。1号染色体SSR位点和种类最多,17号染色体SSR位点最少。单核苷酸到六核苷酸的数量呈降低趋势,其中单核苷酸~四核苷酸在不同染色体中的比例相对稳定,比例接近61.5:16.5:7.3:1。毛果杨SSR序列长度范围在10~216 bp间变化,平均长度为14.48 bp,主要是以10~30 bp长度的序列为主,达到95%。研究发现SSR重复单元都随着重复长度的递增,微卫星丰度呈递减趋势,即SSR重复次数越多,微卫星出现频率越低。所有类型SSR中序列显示出显著的碱基偏好性,均以A/T的重复类型占主导地位。毛果杨全基因组共存在383种稀有SSR单元,不同染色体上存在的SSR稀有单元数存在较大差异。通过SSR分布矩阵可将所有染色体分为3大类,第1类的2号、3号、4号、9号、15号、16号共6对染色体与其他染色体间相对独立,没有或很少与其他染色体间发生交流;在第2、3大类中,各染色体间的关系相对比较紧密,这些染色体存在频繁的交流,进而存在相近的SSR位点分布模式。

关 键 词：毛果杨(Populus trichocarpa)  基因组 SSR 规律  

分 类 号：S792.11]