文献类型：期刊文章

作　　者：陈嘉源[1] 施劲松[2] 丘栋安[3] 刘畅[4] 李鑫[1] 赵强[1] 阮吉寿[5] 高山[1]

CHEN Jiayuan;SHI Jinsong;YAU Tungon;LIU Chang;LI Xin;ZHAO Qiang;RUAN Jishou;GAO Shan(College of Life Sciences,Nankai University,Tianjin 300071,China;National Clinical Research Center of Kidney Disease,Jinling Hospital,Nanjing University School of Medicine,Nanjing 210016,China;School of Science and Technology,Nottingham Trent University,Nottingham,NG118NS,United Kingdom;School of Medicine,Nankai University,Tianjin 300071,China;School of Mathematical Sciences,Nankai University,Tianjin 300071,China)

机构地区：[1]南开大学生命科学学院,天津300071 [2]东部战区总医院,南京210016 [3]英国诺丁汉特伦特大学生物科学系,诺丁汉NG118NS [4]南开大学医学院,天津300071 [5]南开大学数学科学学院,天津300071

出　　处：《生物信息学》

基　　金：天津市重点研发计划科技支撑重点项目(南开大学,No.19YFZCSY00500).

年　　份：2020

卷　　号：18

期　　号：2

起止页码：96-102

语　　种：中文

收录情况：EBSCO、ZGKJHX、普通刊

摘　　要：2019年12月,中国武汉报道了冠状病毒引起的肺炎,其临床症状与2003年爆发的严重急性呼吸综合征(Severe Acute Respiratory Syndrome,SARS)不同,因此推断该病毒可能是冠状病毒的一个新变种。不同于简单使用全基因组序列的其它研究,我们于2018年在国际上首次提出分子功能与进化分析相结合的研究思想,并应用于Beta冠状病毒B亚群(BB冠状病毒)基因组的研究。在这一思想指导下,本研究使用BB冠状病毒基因组中的一个互补回文序列(命名为Nankai complemented palindrome)与其所在的编码区(命名为Nankai CDS)对新发布的2019新型冠状病毒基因组(GenBank:MN908947)进行分析以期准确溯源,并对BB冠状病毒的跨物种传播和宿主适应性进行初步研究。溯源分析的结果支持2019新型冠状病毒源自蝙蝠,但与SARS冠状病毒差异巨大,这一结果与两者临床症状差异一致。本研究的最重要发现是BB冠状病毒存在大量的可变翻译,从分子水平揭示了BB冠状病毒变异快、多样性高的特点。从BB冠状病毒可变翻译中获取的信息可应用于(但不限于)其快速检测、基因分型、疫苗开发以及药物设计。另外,我们推断BB冠状病毒可能通过可变翻译以适应不同宿主。基于大量基因组数据的实证分析,本研究在国际上首次从分子水平尝试解释了BB冠状病毒变异快、宿主多且具有较强的宿主适应性的原因。

关 键 词：冠状病毒 SARS 可变翻译  SARS-CoV-2  跨物种传播  

分 类 号：Q93]