文献类型：期刊文章

作　　者：朱婷芳[1,2] 管峰[2] 苗亮[2,3] 史雨红[2,3] 陈炯[1,2,3]

ZHU Ting-Fang;GUAN Feng;MIAO Liang;SHI Yu-Hong;CHEN Jiong(State Key Laboratory for Managing Biotic and Chemical Threats to the Quality and Safety of Agro-products,Ningbo University,Ningbo 315832,China;Laboratory of Biochemistry and Molecular Biology,School of Marine Science,Ningbo University,Ningbo 315832,China;Key Laboratory of Applied Marine Biotechnology of Ministry of Education,School of Marine Science,Ningbo University,Ningbo 315832,China)

机构地区：[1]宁波大学农产品质量安全危害因子与风险防控国家重点实验室,宁波315832 [2]宁波大学海洋学院,生物化学与分子生物学实验室,宁波315832 [3]宁波大学海洋学院,应用海洋生物技术教育部重点实验室,宁波315832

出　　处：《海洋与湖沼》

基　　金：国家自然科学基金项目,31772876号,31402323号;宁波市科技创新团队项目,2015C110018号;宁波市自然科学基金项目,2018A610225号;宁波市科技富民项目,2017C10037号。

年　　份：2020

卷　　号：51

期　　号：2

起止页码：335-344

语　　种：中文

收录情况：BDHX、BDHX2017、CAB、CAS、CSCD、CSCD2019_2020、IC、JST、PROQUEST、RCCSE、SCOPUS、WOS、ZGKJHX、核心刊

摘　　要：低氧是鱼类在水生环境中的关键压力之一。而大弹涂鱼(Boleophthalmus pectinirostris,mudskipper)可能是少数能在低氧中自然呼吸的脊椎动物。本研究中,我们分析了低氧胁迫8h后大弹涂鱼头肾源单核巨噬细胞(monocytes/macrophages,MO/MΦ)转录组变化。采用Illumina Hiseq 4000平台进行高通量测序,获得了大弹涂鱼MO/MΦ短时低氧胁迫相关的转录组数据,并将获得的原始数据上传至NCBI获得ID号:SRR9771486-SRR9771491(Bioproject PRJNA543702)。分析结果显示,P<0.05和|log2(fold change)|≥1条件下进行差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)筛选,低氧处理组中共获得4487个DEGs,包括2507个上调DEGs,1980个下调DEGs。其中低氧诱导因子(hypoxia-inducible factors,HIF)转录本的表达无显著变化,而血管内皮生长因子(vascular endothelial growth factor-A.VEGF-A)和3-磷酸甘油醛脱氢酶(glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase,GAPDH)基因转录本表达上调。基因本体(Gene Ontology,GO)注释以及京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)信号通路富集分析揭示了糖酵解/糖异生和氧化磷酸化可能在MO/MΦ应对短时低氧胁迫中具有重要作用。随机选择10个DEGs进行实时荧光定量PCR验证,上述基因表达变化趋势与转录组数据一致。本研究揭示了在短时低氧胁迫下大弹涂鱼MO/MΦ基因表达及信号通路调控机制。

关 键 词：低氧胁迫 基因表达 信号通路 比较转录组学分析  大弹涂鱼

分 类 号：S917[水产类]