文献类型：期刊文章

作　　者：陈振辉[1] 陈慧娟[1] 俞露[2] 白杨[3] 范宏英[1]

CHEN Zhen-hui;CHEN Hui-juan;YU Lu;BAI Yang;FAN Hong-ying(Department of Microbiology, Guangdong Provincial Key Laboratory of Tropical Disease Research, School of Public Health, Southern Medical University, Guangzhou, Guangdong, 510080, China;Department of Radiation Oncology, Nanfang Hospital, Southern Medical University, Guangzhou, China;Guangdong Provincial Key Laboratory of Gastroenterology, Inst. of Gastroenterology of Guangdong Province, Department of Gastroenterology, Nanfang Hospital, Southern Medical University, Guangzhou, Guangdong, 510080, China)

机构地区：[1]南方医科大学公共卫生学院微生物学系,510080 [2]南方医科大学南方医院放疗科,510080 [3]南方医科大学南方医院消化内科,510080

出　　处：《现代消化及介入诊疗》

基　　金：国家自然科学基金(31872630);广东省科技计划(重大科技专项)(2018B020205002);广东省基础与应用基础研究基金(2019A1515011759)。

年　　份：2020

卷　　号：25

期　　号：3

起止页码：305-310

语　　种：中文

收录情况：JST、RCCSE、ZGKJHX、普通刊

摘　　要：背景幽门螺杆菌在世界范围内感染率高,参与胃溃疡、胃恶性肿瘤等多种疾病的发生发展,亟需对其感染及致癌机制进行研究。目的通过基因集富集分析(GSEA)、加权基因共表达网络分析(WGCNA)预测幽门螺杆菌感染的可能分子机制及枢纽基因。方法从基因表达综合数据库(GEO数据库)下载GSE27411数据集,通过GSEA分析与幽门螺杆菌感染相关的通路。利用WGCNA分析与幽门螺杆菌感染相关模块及枢纽基因,并对模块内的基因进行GO和KEGG富集分析。使用GEPIA对枢纽基因表达水平与胃癌的生存预后进行探索。结果通过GSEA分析挑选出10条hallmark通路和13条KEGG通路。通过构建WGCNA共表达网络,确定brown模块与幽门螺杆菌感染密切相关,该模块内的基因富集得到16个生物学过程及19条KEGG相关通路。GSEA和WGCNA交集得到4条KEGG通路。对模块基因筛选得到TNF、KIF2C、RRM2、CHEK1、PLK1、RAD51、CENPA、ASF1B共8个枢纽基因。利用GEPIA探索发现,KIF2C、RRM2、CHEK1、PLK1、RAD51、CENPA、ASF1B在胃癌组织中高表达,其中ASF1B与胃癌患者较差的总生存期及无疾病生存期相关。结论本研究通过GSEA和WGCNA分析方法,筛选出与幽门螺杆感染相关的4条核心KEGG通路,1个枢纽模块及8个枢纽基因。

关 键 词：幽门螺杆菌 RNA-SEQ GSEA  WGCNA  数据挖掘 枢纽基因  

分 类 号：R573.6]