文献类型：期刊文章

作　　者：魏雪玲[1,2] 田明明[1,2] 刘奇[1,2]

WEI Xueling;TIAN Mingming;LIU Qi(Yunnan Provincial Key Laboratory of Entomological Biopharmaceutical R&D(Dali University),Dali 671000,China;Integrated Lab of Pathogenic Biology,Pre-clinical College,Dali University,Dali 671000,China)

机构地区：[1]云南省昆虫生物医药研发重点实验室(大理大学),大理671000 [2]大理大学基础医学院,病原生物学综合实验室,大理671000

出　　处：《病毒学报》

基　　金：国家自然科学基金(项目号:81703573),题目:新型脑靶向HIV进入抑制剂/融合抑制剂的设计及初步评价;国家自然科学基金(项目号:81660337),题目:云南人群高致病性冠状病毒交叉反应抗体在感染中的作用研究;大理大学创新团队(项目号:ZKLX2019105)(大理大学临床分子免疫学创新团队)。

年　　份：2020

卷　　号：36

期　　号：2

起止页码：246-254

语　　种：中文

收录情况：BDHX、BDHX2017、CAB、CAS、CSCD、CSCD2019_2020、IC、JST、PUBMED、RCCSE、SCOPUS、WOS、ZGKJHX、核心刊

摘　　要：埃博拉病毒(Ebola virus,EBOV)宿主广泛,其遗传进化关系复杂,影响埃博拉病毒密码子偏爱性的因素众多。为了明确人埃博拉病毒密码子使用的偏爱性,揭示影响其偏爱性的影响因素和不同宿主来源的埃博拉病毒间的遗传进化关系。本研究通过计算有效密码子数(Effective number of codons,ENC),同义密码子相对使用频率(Relative synonymous codon usage,RSCU)和其他指标,对人埃博拉病毒的密码子使用模式进行综合分析。结果显示,人埃博拉病毒各蛋白的ENC均值分布于55.66~55.77,RSCU>1的密码子中77%以上都是以A/U结尾。中性绘图分析和PR2绘图分析等相关分析表明,自然选择是影响密码子使用模式的主要因素,突变压力的影响相对较小。聚类分析结果表明,猪和人来源的埃博拉病毒亲缘关系最近,提示猪来源的埃博拉病毒感染人的风险最大。新发现的bombali型埃博拉病毒与人的亲缘关系距离较远,在大多数蛋白中均单独聚类。本研究结果对深入了解人埃博拉病毒的遗传进化关系,进而研究埃博拉疫苗和制备抗体具有重大意义。

关 键 词：埃博拉病毒(EBOV)  密码子偏爱性 自然选择 突变

分 类 号：R373.9] R512.8[基础医学类]