文献类型：期刊文章

作　　者：张润霖[1] 夏岩石[1] 卢宇鹏[1] 李荣华[1] 张华[2] 郭培国[1]

Zhang Runlin;Xia Yanshi;Lu Yupeng;Li Ronghua;Zhang Hua;Guo Peiguo(International Crop Research Center for Stress Resistance,College of Life Sciences,Guangzhou University,Guangzhou,510006;Guangzhou Academy of Agricultural Sciences,Guangzhou,510308)

机构地区：[1]广州大学生命科学学院,作物抗逆国际合作研究中心,广州510006 [2]广州市农业科学研究院,广州510308

出　　处：《分子植物育种》

基　　金：广东高校省级重点平台和重大科研项目(2015KGJHZ015);广东省科技计划项目(2016B020201001);广东省自然科学基金(2015A030310136,2019A1515011587)共同资助。

年　　份：2020

卷　　号：18

期　　号：6

起止页码：1901-1908

语　　种：中文

收录情况：BDHX、BDHX2017、CAB、CAS、CSCD、CSCD_E2019_2020、JST、ZGKJHX、核心刊

摘　　要：为解决菜心SSR标记数量不足、已开发的位点多态性差等问题,本研究利用高通量测序技术,对‘四九-19’和‘3T6’两份菜心材料进行基因组Survey测序,规模化开发多态性SSR标记。两个菜心材料分别获得55 649 657个和59 300 433个Clean reads,分开拼接组装得到430 483个和499 876个Contig。在两个材料的Contig中搜索到共有的SSR位点为30 696个,其中以二和三核苷酸重复基序最为丰富,占总SSR位点的67%。分析比较发现,3 652个(12%) SSR位点在两份测序材料间具有潜在多态性,随机挑选50个SSR位点进行PCR扩增验证,48对(96%)引物在4份菜心材料中扩增出清晰的条带,其中31对(62%)引物在两份测序样品间具有多态性,19对(38%)引物在另两份菜心材料间具有多态性。结果表明,利用基因组Survey测序能开发SSR标记和开发具有多态性的SSR标记,本研究开发的多态SSR标记将进一步为菜心分子标记的发展和应用提供基础。

关 键 词：菜心(Brassica  campestris)  Survey测序  SSR标记 多态性

分 类 号：S634.5]