文献类型：期刊文章

作　　者：原晓龙[1,2] 王毅[1,2] 张劲峰[1]

YUAN Xiaolong;WANG Yi;ZHANG Jingfeng(Yunnan Academy of Forestry and Grassland,Kunming,Yunnan 650201,China;Yunnan Key Laboratory of Forest Plant Cultivation and Utilization,Kunming,Yunnan 650201,China)

机构地区：[1]云南省林业和草原科学院,云南昆明650201 [2]云南省森林植物培育与开发利用重点实验室,云南昆明650201

出　　处：《森林与环境学报》

基　　金：国家自然科学基金项目(31860177);云南省林业和草原科学院热带亚热带珍贵用材树种研发创新课题(2017HC024)。

年　　份：2020

卷　　号：40

期　　号：2

起止页码：195-202

语　　种：中文

收录情况：BDHX、BDHX2017、CAB、CSCD、CSCD_E2019_2020、JST、RCCSE、ZGKJHX、核心刊

摘　　要：通过分析灰毛浆果楝叶绿体基因组密码子的使用特征,探讨影响其密码子使用偏性的主要因素。从灰毛浆果楝叶绿体基因组中筛选出54条编码序列(CDS),利用Codon W 1.4.2和CUSP软件计算不同基因密码子各位置的GC含量,以明确灰毛浆果楝叶绿体基因组密码子的使用偏性规律。结果显示:灰毛浆果楝叶绿体基因组密码子第3位碱基的GC含量为28.95%,即第3位密码子富含A和U,有效密码子数(Nec)在34.60~61.00之间,Nec值大于45的CDS有39个;相对同义密码子使用度(URSC)值大于1的密码子有29个,其中16个以U结尾,12个以A结尾;中性绘图分析结果显示GC 12和GC 3的相关系数为0.0984,相关性不显著,回归系数(对角线斜率)为0.1379;基因N ec比值大多数分布在-0.05~0.05区间外,即大部分基因N ec值与预期值差距较大;相关关系分析显示,GC 3与GC1、GC2均未达到显著相关,Nec与GC3呈极显著相关。综合分析发现灰毛浆果楝叶绿体基因组密码子偏好性较弱,选择为主要影响因素,同时受到其他因素的影响。结合高表达优越密码子和高频密码子确定GUU、GUA、UCU、AGU、CCU、ACU、GGU、GCU、CAA、AAA、UGU、AGA和AUU等13个密码子为最优密码子。

关 键 词：灰毛浆果楝  叶绿体基因组 密码子 偏好性  最优密码子  

分 类 号：Q943.2[植物生产类]