文献类型：期刊文章

作　　者：胡靖飞[1] 滑翔[1] 黄小波[1,2,3] 赵玉佳[1] 曹三杰[1,2,3] 文心田[1,2,3] 文翼平[1,2,3] 伍锐[1,2,3] 赵勤[1,2]

HU Jing-Fei;HUA Xiang;HUANG Xiao-Bo;ZHAO Yu-Jia;CAO San-Jie;WEN Xin-Tian;WEN Yi-Ping;WU Rui;ZHAO Qin(Research Center of Swine Disease,College of Veterinary Medicine,Sichuan Agricultural University,Chengdu 611130,China;Sichuan Science-observation station Veterinary Drugs and Veterinary Diagnostic Technology,Ministry of Agriculture,Chengdu 611130,China;National Animal Experiment Teaching Demonstration Center,Sichuan Agricultural University,Chengdu 611130,China)

机构地区：[1]四川农业大学动物医学院猪病研究中心,成都611130 [2]农业部兽用药物与兽医诊断技术四川科学观测实验站,成都611130 [3]四川农业大学国家级动物类实验教学示范中心,成都611130

出　　处：《农业生物技术学报》

基　　金：国家重点研发计划(2016YFD0500700);动物疫病共检测服务平台建设(D171100002117002)

年　　份：2020

卷　　号：28

期　　号：2

起止页码：349-359

语　　种：中文

收录情况：BDHX、BDHX2017、CAB、CAS、CSA-PROQEUST、CSCD、CSCD2019_2020、JST、RCCSE、UPD、ZGKJHX、核心刊

摘　　要：生产中常见仔猪(Sus scrofa)腹泻,造成严重经济损失。本研究建立了联合检测猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus, PEDV)、猪传染性胃肠炎病毒(Transmissible gastroenteritis virus, TGEV)、猪轮状病毒A群(Porcine rotavirus A group, PRoV A)与猪δ冠状病毒(Porcine deltacoronavirus, PDCoV) 4种猪肠道病毒的寡核苷酸芯片并进行了临床应用。根据PEDV的纤突蛋白(spike, S)、囊膜蛋白(membrane,M)基因、TGEV的S、核衣壳蛋白(nucleocapsid, N)基因、PRoV A的外衣壳蛋白(outer capsid protein, VP7)、非结构蛋白(non-structural protein, NSP4)基因与PDCoV的囊膜蛋白M、N基因设计8对特异性引物,再根据每对引物扩增基因的保守区域设计寡核苷酸探针,并用Cy-3荧光直接标记下游引物5’端进行多重PCR扩增标记样品。研究确定最佳制备和反应参数:100μmol/L探针原液与点样缓冲液比例为1∶2,水合处理10 h,杂交温度为42℃,杂交时间为120 min,以信噪比值(Signal-to-noise ratio, SNR)≥2或信号值>1 300判为阳性。该芯片灵敏性试验表明最低检测量为106copies/μL;特异性实验表明对非目标病原无交叉反应,保存期试验表明制备的芯片置于4℃下可保存至少60 d。用该芯片检测209份临床腹泻样品,结果显示PEDV、TGEV、PoRVA、PDCoV的阳性率分别为68.42%、4.30%、0.95%和2.87%,检测结果与普通逆转录PCR (reverse transcription PCR)一致。本研究构建的寡核苷酸基因芯片为4种仔猪腹泻病原的高通量筛查提供了新技术。

关 键 词：猪流行性腹泻病毒(PEDV)  猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)  猪轮状病毒(PoRV)  猪δ冠状病毒(PDCoV),寡核苷酸芯片  

分 类 号：S855.2]