文献类型：期刊文章

作　　者：黄杰庭[1,2] 许茹[1,2] 廖峭[1,2] 王敏[1,2] 单振刚[1,2] 尤庆柱[3] 戎霞[1,2,4] 付涌水[1,2,4]

HUANG Jieting;XU Ru;LIAO Qiao(Guangzhou Blood Center,Guangzhou 510095,China)

机构地区：[1]广州血液中心,广州510095 [2]广州市医学重点实验室(血液安全重点实验室),广州510095 [3]韶关市第一人民医院耳鼻喉科,广东韶关512000 [4]南方医科大学检验与生物技术学院输血医学系,广州510515

出　　处：《临床肝胆病杂志》

基　　金：广州市医药卫生科技项目(20161A011058);广东省医学科学技术研究基金项目(A2018499);广州市医学重点学科建设项目

年　　份：2020

卷　　号：36

期　　号：1

起止页码：94-97

语　　种：中文

收录情况：AJ、BDHX、BDHX2017、CAB、CAS、CSA、CSA-PROQEUST、DOAJ、EBSCO、IC、JST、RCCSE、UPD、ZGKJHX、核心刊

摘　　要：目的探讨二代测序法(NGS)在HCV 3b全长序列及基线耐药相关置换(RAS)检测中的应用。方法从1例2016年7月在广州血液中心献血的献血者(HCV RNA阳性)血浆中提取核酸,经序列非依赖性扩增后,构建测序文库并采用illumina Hiseq进行深度测序,然后通过生物信息学方法分析HCV全长序列、病毒基因分型以及针对直接抗病毒药物(DAA)的基线RAS。结果NGS获得8.4 Gb原始测序数据,序列数(reads)超过56 M。经生物信息学分析获得HCV全长序列,平均测序深度为488007,基因分型结果为3b亚型。病毒氨基酸序列里含有12个RAS,分别是NS3区域的Y56H、Q80K、Q80R、A156G,NS5A区域的M28G、Q/A30G、Q/A30K、L31F、L31M、Y93H,以及NS5B区域的S282T和V321A,其中位于NS5A区域的Q/A30K和L31M属于高丰度RAS(99.16%和98.37%),其余10个RAS丰度较低(<0.5%)。结论NGS用于HCV 3b亚型的全长序列检测和基因分型,最终鉴定出基线RAS,对于HCV 3b的流行病学研究和DAA治疗方案的制订有重要意义。

关 键 词：肝炎病毒属 高通量核苷酸序列分析  基因型  

分 类 号：R512.63]