文献类型：期刊文章

作　　者：于福来[1] 黄梅[1] 张影波[1] 陈振夏[1] 庞玉新[2] 谷陟欣[3] 李伟[4] 吴友根[5]

YU Fu-lai;HUANG Mei;ZHANG Ying-bo;CHEN Zhen-xia;PANG Yu-xin;GU Zhi-xin;LI Wei;WU You-gen(Tropical Crops Genetic Resources Inslitute,Chinese Academy of Tropical Agricultural Sciences,Haikou 571101,China;School of Chinese Materia Medica Resources,Guangdong Pharmaceidical University,Yunfu 527500,China;Key Laboratory of Phytochemical R&D of Hunan Province and Key Laboratory of Chemical Biology&Traditional Chinese Medicine Research.Ministry of Education,Hunan Normal University,Changsha 410081,China;Hainan Jiuzhitang Pharmaceutical Co.,Ltd.,Haikou 570311,China;College of Horticulture,Hainan Universiiy,Haikou 570228,China)

机构地区：[1]中国热带农业科学院热带作物品种资源研究所,海南海口571101 [2]广东药科大学中药资源学院,广东云浮527500 [3]植化单体开发与利用湖南省重点实验室,化学生物学及中药分析教育部重点实验室/湖南师范大学,湖南长沙410081 [4]海南九芝堂药业有限公司,海南海口570311 [5]海南大学园艺学院,海南海口570228

出　　处：《中国中药杂志》

基　　金：海南省重大科技计划子课题(ZDKJ2016005-03)

年　　份：2019

卷　　号：44

期　　号：18

起止页码：3974-3978

语　　种：中文

收录情况：BDHX、BDHX2017、BIOSISPREVIEWS、CAB、CAS、CSCD、CSCD2019_2020、EMBASE、IC、IPA、JST、PUBMED、RCCSE、RSC、SCOPUS、WOS、ZGKJHX、核心刊

摘　　要：裸花紫珠是海南省特色黎族药大品种,具有止血散瘀、消炎抗菌之功效。目前,裸花紫珠参考基因组信息缺乏。通过研究裸花紫珠的基因组大小、杂合率及SSR特征,可为裸花紫珠基因组精细测序的文库构建和SSR分子标记的开发提供依据。为此,该研究采用二代测序方法,基于K-mer分析手段来研究裸花紫珠基因组的大小及杂合率,在此基础上采用MISA工具分析其SSR特征。结果表明,裸花紫珠基因组大小约为822.43 Mb,重复序列比例约71.67%,杂合率约0.85%,基因组的GC量约49.20%。提示裸花紫珠为高杂合、高重复的复杂基因组。通过对基因组序列进行SSR特征分析,共鉴定了206049个SSR,其中,单、双、三核苷酸重复基序占比较高,共198993个,占96.57%。在2~6核苷酸重复基序类型中分别是AT/AT,AAT/ATT,AGCC/CTGG,AAAAT/ATTTT,AGATAT/ATATCT的数量最多。该研究为裸花紫珠基因组精细测序的文库构建提供了参考,同时为其SSR分子标记开发和基因资源的保护和利用提供了分子依据。

关 键 词：裸花紫珠 基因组大小 杂合率  简单重复序列SSR  

分 类 号：S51]