文献类型：期刊文章

作　　者：巩檑[1] 程永芳[2] 甘晓燕[1] 陈虞超[1] 聂峰杰[1] 张丽[1] 石磊[1] 宋玉霞[1] 郭志乾[3] 王峰[4]

机构地区：[1]宁夏农林科学院农业生物技术研究中心宁夏农业生物技术重点实验室,银川750002 [2]宁夏大学生命科学学院,银川750021 [3]宁夏农林科学院固原分院,固原756000 [4]宁夏农林科学院荒漠化治理研究所,银川750002

出　　处：《分子植物育种》

基　　金：现代农业产业技术体系专项基金(CARS-10-ES30);十二五农村领域国家科技计划课题子课题(2011BAD29B07-01);宁夏回族自治区农业育种专项(2014NYYZ01);宁夏自然科学基金项目(NZ13098;NZ14210);宁夏农林科学院科技创新先导资金项目(NKYJ-13-05;NKYG-14-05;NKYG-15-06)共同资助

年　　份：2015

卷　　号：13

期　　号：7

起止页码：1535-1544

语　　种：中文

收录情况：BDHX、BDHX2014、CAB、CAS、CSCD、CSCD2015_2016、JST、RCCSE、ZGKJHX、核心刊

摘　　要：本研究以宁薯4号叶、根和匍匐茎茎尖为材料构建链特异性文库进行转录组测序并对测序数据重新拼接。应用SSR检索软件从74.8 Mb测序数据中(51 006 Unigenes)发掘到1 867个SSR位点,平均发生频率为1/41 kb。重复基序中以三核苷酸、六核苷酸和二核苷酸为主,分别占总SSR位点数的58.2%、12.8%和10.7%;56种三核苷酸重复基序中以(GAA/TTC)n为主,占总SSR重复基序比例的4.1%;160种六核苷酸重复基序中以(AGCCAC/GTGGCT)n、(AGATGA/TCATCT)n、(GCAGGT/ACCTGC)n、(AAACCC/GGGTTT)n和(GGTGGA/TCCACC)n为主,分别占总SSR重复基序比例的0.2%。对1 867个SSR位点序列设计了1 692对EST-SSR引物,从中抽取100对引物进行有效性和多态性验证。结果表明,76对(76%)引物能扩增出预期目标片段;40对能扩增出目标片段的EST-SSR引物中有19对引物在分析47份马铃薯种质资源遗传多样性中表现出多态性差异,多态性引物比例为47.5%;共检测到80个等位基因,平均每对引物检测到4.2个等位基因;多态性信息含量(PIC)值变化在0.343~0.819之间,平均为0.658,属于高多态位点。本研究可为分析马铃薯种质资源遗传结构、构建精细遗传图谱、克隆定位功能基因和分子标记辅助育种等研究提供了标记基础。

关 键 词：马铃薯 转录组 EST-SSR 遗传多样性  

分 类 号：S532]