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痢疾杆菌全基因组序列及基因组岛的分析
Complete Genome Sequence of Shigella flexneri 2a 301 Strain and Analysis of “ Shigella-islands
文献类型:期刊文章
机构地区:[1]病毒基因工程国家重点实验室,北京100052 [2]毒基因工程国家重点实验室,北京100052 [3]复旦大学分子病毒学实验室,上海200032 [4]中国预防医学科学院流行病学和微生物学研究所,北京102206 [5]北京大学医学部肝病研究所,北京100083 [6]人类基因组北方研究中心,北京100176 [7]华北制药集团,石家庄050000
基 金:国家重大基础研究规划 ("973"计划G19990 5 410 5 ) ;高新技术研究发展计划 ("863"计划Z19 0 2 0 5 0 1) ;北京市科委支持项目 (95 5 0 2 0 70 0 )
年 份:2002
卷 号:4
期 号:10
起止页码:40-47
语 种:中文
收录情况:JST、NSSD、RCCSE、ZGKJHX、普通刊
摘 要:福氏 2a志贺菌 (Shigellaflexneriserotype 2a)是引起人类细菌性痢疾的主要病原体。本文在国际上首次完成了福氏 2a志贺菌 30 1株 (Sf30 1) (我国细菌性痢疾的优势流行株 )的全基因组核苷酸序列测定和初步分析。该基因组包括一条由 4 6 0 72 0 3个碱基对 (bp)组成的环状染色体和一个含 2 2 16 18bp的侵袭性大质粒pCP30 1以及另外两个小质粒。通过将Sf30 1的染色体序列与其亲源关系相近的非致病性大肠杆菌K - 12菌株MG16 5 5进行比较基因组学研究 ,发现Sf30 1的染色体上有 5 72Kb特异性序列 ,并形成了 32 0个长度大于 5 0bp的“痢疾岛” (Shigella island ,SIs) ,其中大于 1Kb的共计 131个。这些岛共包含 5 19个开放读码框架 (OpenReadingFrames,ORFs) ,多数SIs的一侧或两侧均伴有插入序列元件、转座子或者tRNAs。G +C含量及密码子使用频率等分析显示出部分SIs的外源性。通过结构及ORF编码产物功能的分析 ,鉴别出 9个可能与痢疾杆菌致病性有关的“毒力岛” ,其中
关 键 词:福氏2a志贺菌301株 全基因组序列 测定 痢疾岛 毒力岛 痢疾杆菌 痢疾传染病
分 类 号:R378.25] R516[基础医学类]
参考文献:
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