文献类型：期刊文章

作　　者：叶鹏[1] 李显煌[1] 陈杰[2] 瞿绍宏[1] 董章宏[1] 雷瀚[1] 刘成[1] 辛培尧[1] 杨生超[3]

YE Peng;LI Xianhuang;CHEN Jie;QU Shaohong;DONG Zhanghong;LEI Han;LIU Cheng;XIN Peiyao;YANG Shengchao(Southwest Forestry University, Key Laboratory of Forest Resources Conservation and Utilization in the Southwest Mountains of Ministry of Education, Kunming 650224, China;Bijie Institute of Traditional Chinese Medicine, Bijie 551700, China;National-Local Joint Engineering Research Center on Gempiasm Innovation & Utillization of Chinese Medicinal Materials in Southwest China, Yunnan Agricultural University, Kunming 650201, China)

机构地区：[1]西南林业大学,西南山地森林资源保育与利用教育部重点实验室,云南昆明650224 [2]毕节市中药研究所,贵州毕节551700 [3]云南农业大学,西南中药材种质创新与利用国家地方联合工程研究中心,云南昆明650201

出　　处：《云南农业大学学报（自然科学版）》

基　　金：贵州省科技计划项目(黔科合SY字[2015]3027);云南省教育厅科学研究基金项目(2016ZZX52);西南林业大学科研基金项目(XL21611)

年　　份：2019

卷　　号：34

期　　号：5

起止页码：808-814

语　　种：中文

收录情况：BDHX、BDHX2017、CAB、CSCD、CSCD2019_2020、FSTA、JST、RCCSE、WOS、ZGKJHX、核心刊

摘　　要：【目的】分析云贵地区金铁锁转录组中SSR位点信息的分布及其序列特征,为SSR引物的大量开发奠定基础。【方法】以金铁锁嫩叶为材料,经转录组测序后,利用MISA软件进行de novo组装;使用Excel软件进行分析并用Primer 3软件设计引物。【结果】从77 942条Unigenes序列中共检测到6 660个微卫星位点,出现频率为8.54%,平均分布距离为401.64 kb。检测到的SSR位点中以三核苷酸和二核苷酸出现频率最高,分别占58.69%和35.77%,而以五核苷酸最少(1.24%)。AG/TC与GA/CT是二核苷酸的优势重复基元,分别占总基元的12.66%和10.45%。CTT/GAA和AAC/TTG在三核苷酸中出现频率最高,占总基元的3.71%和3.60%。根据转录组的测序结果,金铁锁转录组的SSR位点出现的频率较高,具有丰富的基元类型,并且有较高的重复次数,具有较高的多态性潜力。根据转录组的测序结果,随机选出82对引物用于检测,其中有20对引物能扩增出清晰且单一的谱带。【结论】金铁锁转录组所产生的Unigene是开发SSR的有效来源,而获得的SSR引物可以为金铁锁种质资源的遗传变异研究提供更多的标记。

关 键 词：金铁锁 SSR 转录组

分 类 号：Q943.2[植物生产类] S567.239]