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马铃薯Shaker基因家族全基因组鉴定和分析
Genome-Wide Analysis of the Shaker-Type Potassium Channel Gene Family in Potato
文献类型:期刊文章
YIN Huan;ZHUO Fengping;DENG Kexuan;REN Maozhi(College of Life Sciences, Chongqing University, Chongqing 401331, China;Chongqing University of Science and Technology, Chongqing 401331, China)
机构地区:[1]重庆大学生命科学学院,重庆401331 [2]重庆科技学院,重庆401331
基 金:国家自然科学基金青年科学基金项目“雷帕霉素靶蛋白调控马铃薯钾素吸收的分子机制研究”(31801271);重庆市基础与前沿研究计划一般项目“马铃薯MYB转录因子家族在植物抗旱基因工程中的应用”(cstc2016jcyjA0822)
年 份:2019
卷 号:21
期 号:3
起止页码:104-108
语 种:中文
收录情况:CAS、普通刊
摘 要:钾素营养在植物的生长发育过程中具有重要作用。Shaker家族基因参与植物对低钾环境胁迫的响应过程,可帮助植物从土壤中吸收钾素。将拟南芥Shaker蛋白质序列作为源序列,在马铃薯数据库PGSC中搜索获得22个StShaker基因;通过多序列比对和保守结构域分析,最终从马铃薯基因组中鉴定出9个StShaker基因。通过分析其外显子内含子结构、系统发育树、染色体分布、蛋白质序列等,发现StShaker基因能够分为5组,有4个保守的结构域,所有的StShaker基因在结构域I中都有一个核心的GYGDE基序。低钾胁迫对大多数StShaker基因在转录水平上没有显著影响,StShaker可能是受转录后水平上的调控来影响马铃薯对钾离子的吸收。
关 键 词:Shaker基因家族 马铃薯 钾离子吸收 表达模式 系统发育
分 类 号:Q945[植物生产类]
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