文献类型：期刊文章

作　　者：郑雨薇[1] 肖华[1] 王维文[1] 刘雯[1]

ZHENG Yuwei;XIAO Hua;WANG Weiwen;LIU Wen(Qingdao University School of Medicine, School of Basic Medicine, Pathogenic Biology, Qingdao 266021, China)

机构地区：[1]青岛大学医学部基础医学院病原生物学系

出　　处：《青岛大学学报（医学版）》

基　　金：山东省自然科学基金项目(ZR2017BH106)

年　　份：2019

卷　　号：55

期　　号：4

起止页码：423-427

语　　种：中文

收录情况：CAS、RCCSE、ZGKJHX、普通刊

摘　　要：目的从分子层面分析EB病毒(EBV)相关伯基特淋巴瘤(BL)的差异表达基因(DEGs),为其诊疗提供新的思路。方法从美国国立生物技术信息中心(NCBI)获取EBV阳性与阴性BL相关基因芯片数据集GSE100458。通过morpheus筛选出DEGs,分别将上调和下调基因输入Database for Annotation Visualization and Integrated Discovery(DAVID)数据库,进行GO分析;进一步采用cytoscape筛选出10个TOP基因,实时荧光定量PCR方法验证其在EBV阳性与阴性BL细胞系中表达情况。结果分析EBV阳性和EBV阴性的BL细胞系的前400个DEGs,包括200个上调基因和200个下调基因,上调基因主要集中在生长因子活性通路、肝素结合通路、细胞外间隙通路;下调基因主要集中在伽马微管蛋白结合通路、内质网膜通路、逆行性小囊泡运输通路。对DEGs进行蛋白质相互作用分析后,筛选出核心基因乙酰辅酶A羧化酶β(ACACB)等10个基因。实时荧光定量PCR检测结果显示,在EBV阳性与阴性BL组间,CDH1、PRPF19、UBE2N、F2、H6PD、VEGFA、YARS共7个基因的转录表达差异有统计学意义(t=3.878~32.601,P<0.05),ACACB、CTTN、IGF1共3个基因表达差异无统计学意义(P>0.05)。结论EBV感染可导致宿主细胞基因表达谱的改变,生物信息学分析法可初步筛选出DEGs和相互作用的蛋白,为进一步深入研究提供有价值的信息和思路。

关 键 词：疱疹病毒4型 伯基特淋巴瘤 基因表达 生物信息学

分 类 号：R373.9]