文献类型：期刊文章

作　　者：邵继平[1] 符健[1]

SHAO Ji-ping;FU Jian(Key Laboratory of Drug Precl ini cal Pharmacological Toxicology,Hainan Medical University,Haikou,China571199)

机构地区：[1]海南医学院海南省药物临床前药理毒理学研究重点实验室,海南海口571199

出　　处：《中国病原生物学杂志》

基　　金：海南省科技厅社会发展项目(No.ZDYF2016126)

年　　份：2019

卷　　号：14

期　　号：3

起止页码：270-274

语　　种：中文

收录情况：BDHX、BDHX2017、CAB、CSCD、CSCD2019_2020、JST、RCCSE、ZGKJHX、核心刊

摘　　要：目的采用生物信息学方法分析HIV-1 gp41跨膜糖蛋白的基因序列及其编码蛋白的结构特征,并预测可能的B/T细胞表位,为艾滋病疫苗及多肽药物开发提供理论依据。方法从NCBI GenBank数据库获取gp41基因及其编码蛋白序列,综合运用ExPASy ProtParam tool、SOPMA、TMpred、Motifscan、ABCpred、Bepipred、CTLPred和IEDB等在线软件分别预测其低级结构、跨膜区、翻译后修饰位点、B/T细胞表位。结果 HIV-1 gp41基因ORF长度为666 bp,编码222个氨基酸。该gp41蛋白共3 627个原子,相对分子质量为25.642 5×10~3,分子式为C_(1164)H_(1815)N_(317)O_(325)S_6。理论等电点为8.60,是稳定的疏水性蛋白。gp41蛋白具有无规则卷曲55个,占24.77%;13个翻译后修饰位点,存在N-糖基化、酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化、N-酰胺化、蛋白激酶C磷酸化等修饰。gp41蛋白N-末端存在跨膜螺旋区,分别位于第2-20,80-97和171-192位氨基酸处,这3个螺旋区的总评分为4 614。预测gp41蛋白含有23个B细胞抗原表位,优势表位依次是87-102、93-108、113-128、78-93、151-166等;含有NKTYKEIWD、VERYLRDQR和EPDRPERIE 3个优势CTL细胞表位,分别位于第103-111、70-78、213-221位氨基酸处。结论预测gp41蛋白的B/T细胞表位进行预测,可为艾滋病疫苗及多肽药物的开发提供了理论依据。

关 键 词：HIV-1 包膜糖蛋白gp41  CRF07_BC毒株  B/T表位预测  生物信息学

分 类 号：R373.9]