文献类型：期刊文章

作　　者：陈佳[1] 舒明月[1] 里进[2] 付爱思[1] 杨帆[3] 王邹[3] 李一荣[2] 邓子新[1] 刘天罡[1]

Jia Chen;Mingyue Shu;Jin Li;Aisi Fu;Fan Yang;Zou Wang;Yirong Li;Zixin Deng;Tiangang Liu(Key Laboratory of Combinatorial Biosynthesis and Drug Discovery, Ministry of Education, School of Pharmaceutical Sciences, Wuhan University, Wuhan 430071, China;Deparement of Laboratory,Zhongnan Hospital of Wuhan University, Wuhan 430071, China;Public Technology Service Platform, Wuhan Institute of Biotechnology, Wuhan 430071, China)

机构地区：[1]武汉大学药学院组合生物合成与新药发现教育部重点实验室,武汉430071 [2]武汉大学中南医院检验医学中心,武汉430071 [3]武汉生物技术研究院公共技术服务平台,武汉430071

出　　处：《遗传》

基　　金："万人计划"青年拔尖人才项目资助~~

年　　份：2019

卷　　号：41

期　　号：4

起止页码：337-348

语　　种：中文

收录情况：BDHX、BDHX2017、BIOSISPREVIEWS、CAB、CAS、CSCD、CSCD2019_2020、EMBASE、IC、JST、PUBMED、RCCSE、SCOPUS、WOS、ZGKJHX、核心刊

摘　　要：人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)的高分辨率、精准分型对于组织配型以及HLA相关疾病研究具有重要意义。本研究以12位原发性肝细胞癌病人的外周血为供试样本,分析二、三代测序数据用于高分辨率HLA分型的优劣势,同时结合探针捕获与三代测序技术对YH、HeLa标准细胞系以及一个原发性肝细胞癌病人的主要组织相容性复合体(major histocompatibility complex,MHC)区域进行靶向分析,探究长读长测序技术对于整个MHC区域精细分析的潜力。研究表明:(1)二、三代测序技术均能实现6～8位高分辨HLA分型,且两者分型结果一致。但是三代数据的覆盖均一度显著优于二代,不会出现明显的"断层"现象;(2)超长的三代数据可直接跨越整个扩增子,对于基因单倍体型的判定(phasing)具有明显优势。样本中92.79%的HLA基因能够得到准确的单倍体分型结果,远高于二代的75.65%;(3)长读长的三代测序数据不但能实现对MHC区域的更好组装,还具有对整个MHC共计3.6 Mb区域进行phasing的能力,而这将有助于明确各个突变位点、等位基因、非编码区等基因原件在每个MHC单倍体型上的定位与相互连锁信息,为免疫等相关疾病的研究提供理论依据。

关 键 词：HLA MHC 三代测序  HLA单倍体分型  NimbleGen探针捕获技术  

分 类 号：R735.7]