文献类型：期刊文章

作　　者：田明明[1] 魏雪玲[1] 杨兴[1] 宋秀锋[1] 李光华[1] 刘奇[1]

TIAN Ming-ming;WEI Xue-ling;YANG Xing;SONG Xiu-feng;LI Guang-hua;LIU Qi(Department of Medical Microbiology and Immunology,Integrated Lab of Pathogenic Biology,School of Basic Medicine,Dali University,Dali 671000,China)

机构地区：[1]大理大学基础医学院病原生物学综合实验室,医学微生物学与免疫学教研室,大理671000

出　　处：《中国人兽共患病学报》

基　　金：国家自然科学基金资助项目(No.81660337,No.81703573);云南省教育厅科学研究基金项目(No.2015Y383)联合资助.

年　　份：2018

卷　　号：34

期　　号：12

起止页码：1079-1086

语　　种：中文

收录情况：AJ、BDHX、BDHX2017、CAB、CAS、CSA-PROQEUST、CSCD、CSCD2017_2018、IC、JST、PROQUEST、RCCSE、WOS、ZGKJHX、ZR、核心刊

摘　　要：目的探索云南新现蝙蝠SARS样冠状病毒(SARSr-CoV)密码子偏性及其与SARS冠状病毒(SARS-CoV)及其他地区SARSr-CoV密码子偏性的进化关系。方法运用Lasergene、EMBOSS、CodonW等生物信息软件,以SARS-CoV为对照,对云南新现蝙蝠SARSr-CoV各蛋白的编码序列进行密码子偏性分析,并基于此与不同时期报道的SARSr-CoV及SARS-CoV进行聚类分析。结果 11株云南新现蝙蝠SARSr-CoV各蛋白有效密码子数目均接近61,密码子偏性较弱;各蛋白偏性的密码子有差异,但均以A、U结尾的密码子为主。ENC-Plot、中性绘图分析与PR2规则分析均提示新现蝙蝠SARSrCoV在进化过程中主要受到自然选择因素的影响。基于密码子偏性的聚类分析发现,部分云南蝙蝠SARSr-CoV与SARSCoV关系极为密切。同时,其他云南SARSr-CoV分散聚类于其他地区的SARSr-CoV中。结论新报道的蝙蝠SARSr-CoV的密码子偏性与SARS-CoV相似度较高,在进化过程中主要受到自然选择因素的影响,跨种传播至人的风险较高。

关 键 词：冠状病毒 密码子 偏性分析  聚类分析

分 类 号：R373.1]