文献类型：期刊文章

作　　者：王传聪[1] 唐修阳[1] 项杰[1] 欧江涛[1]

机构地区：[1]盐城工学院海洋与生物工程学院,江苏盐城224051

出　　处：《江苏农业科学》

基　　金：国家自然科学基金面上项目(编号:31570176);国家自然科学基金青年科学基金(编号:31000072)

年　　份：2018

卷　　号：46

期　　号：22

起止页码：56-59

语　　种：中文

收录情况：JST、RCCSE、ZGKJHX、普通刊

摘　　要：对罗氏沼虾肝胰腺组织转录组测序获得的33 450条Unigenes,进行简单重复序列(simple sequence repeat,简称SSR)检测与分析。结果共检测出15 356个SSR位点,分布在12 930条Unigenes上,发生频率为38.65%,平均距离为1.91 kb。其中,优势重复基序为单核苷酸、二核苷酸、三核苷酸。SSR序列重复长度主要为12～16 bp和18 bp,占罗氏沼虾总SSR的86.33%。单核苷酸重复基序中多数为A/T,二核苷酸重复基序以GA/TC、AG/CT及AT/TA为主,三核苷酸重复基序主要为AAT/TTA、AAG/TTC、ATT/TAA、CCT/GGA、CTC/GAG和CTT/GAA。最后,对SSR所在的Unigene进行了KOG分类注释。通过对罗氏沼虾转录组SSR位点信息分析,获得多态性较为丰富的SSR位点,具有极大的开发价值,可为罗氏沼虾遗传多样性的分析、遗传图谱的构建及分子标记辅助育种提供有效工具。

关 键 词：罗氏沼虾 转录组 SSR序列  分子标记

分 类 号：S917.4[水产类]