文献类型：期刊文章

作　　者：秦政[1] 郑永杰[2] 桂丽静[2] 谢谷艾[2] 伍艳芳[2]

QIN Zheng;ZHENG Yongjie;GUI Lijing;XIE Gu ai;WU Yanfang(Jiangxi Agricultural University,College of Forestry,Nanchang 330045,China;Jiangxi Academy of Forestry,Camphora Engineering and Technology Research Center of State Forestry Administration,Nanchang 330032,China)

机构地区：[1]江西农业大学林学院,南昌330045 [2]江西省林业科学院国家林业局樟树工程技术研究中心,南昌330032

出　　处：《广西植物》

基　　金：国家自然科学基金(31460209);江西省林业科学院青年科技人才培养项目(2018522701)~~

年　　份：2018

卷　　号：38

期　　号：10

起止页码：1346-1355

语　　种：中文

收录情况：AJ、BDHX、BDHX2017、CAB、CAS、CSA-PROQEUST、CSCD、CSCD_E2017_2018、IC、JST、ZGKJHX、核心刊

摘　　要：为分析樟树(Cinnamomum camphora)叶绿体基因组密码子偏好性使用模式,该研究利用CodonW、EMBOSS、R语言等软件和程序,对53条樟树叶绿体基因组密码子使用模式及偏好性进行了系统分析。结果表明:樟树叶绿体基因的有效密码子数(ENC)在36.82～59.30之间,表明密码子的偏好性较弱。相对同义密码子使用度(RSCU)分析发现RSCU>1的密码子有32个,其中28个以A、U结尾,表明第3位密码子偏好使用A和U碱基。中性绘图分析发现GC3与GC12的相关性不显著,回归曲线斜率为0.049,说明密码子偏好性主要受到自然选择的影响。ENC-plot分析发现大部分基因落在曲线的下方,同样表明选择是影响密码子偏好性的主要因素。该研究发现共有9个密码子(UUU、CUU、UCA、ACA、UAU、AAU、GAU、UGA、GGA)被鉴定为樟树叶绿体基因组的最优密码子。

关 键 词：樟树  叶绿体基因组 密码子偏好性

分 类 号：Q943.2[植物生产类]