文献类型：期刊文章

作　　者：段荣静[1,2] 刘金定[1]

Duan Rongjing;Liu Jinding(Research Center for Correlation of Domain Knowledge,Nanjing Agricultural University,Nanjing,210095,China;Bioinformatics Center,Nanjing Agricultural University,Nanjing,210095,China)

机构地区：[1]南京农业大学领域知识关联研究中心,南京210095 [2]南京农业大学生物信息学中心,南京210095

出　　处：《数据采集与处理》

基　　金：国家自然科学基金(31301691)资助项目;教育部中央高校基本业务费(KYZ201667;KJQN201430)资助项目

年　　份：2018

卷　　号：33

期　　号：4

起止页码：637-645

语　　种：中文

收录情况：AJ、BDHX、BDHX2017、CSA、CSA-PROQEUST、CSCD、CSCD_E2017_2018、IC、INSPEC、JST、RCCSE、SCOPUS、ZGKJHX、核心刊

摘　　要：针对基因组新测序物种缺乏高质量的基因结构用于从头预测软件训练的现状,本文提出了一种以新测序物种自身RNA-seq组装为基础的可靠基因训练集构建方法(Building reliable training gene set,BRTGS)。该方法利用RNA-seq组装获得大量初始基因结构,然后根据蛋白同源证据筛选具有正确且编码区相对完整的基因结构,最后综合利用RNA-seq组装结构和蛋白同源证据统计信息确定的基因起始密码子和终止密码子位置,从而获得基因完整的编码结构。实验结果表明,该方法不仅可为各种组装水平的基因组构建高质量的基因训练集,而且从头预测软件在这些基因集上训练后能够获得很好的预测性能。

关 键 词：生物信息学 基因结构 RNA-SEQ 蛋白同源  训练基因集  

分 类 号：TN713] Q751]