文献类型：期刊文章

作　　者：刘潮[1] 韩利红[1] 宋培兵[1] 王德琴[1] 王海波[1] 唐利洲[1]

LIU Chao;HAN Li-hong;SONG Pei-bing;WANG De-qin;WANG Hai-bo;TANG Li-zhou(College of Biological Resource and Food Engineering,Qujing Normal University/Center for Yunnan Plateau Biological Resources Protection and Utilization/Key Laboratory of Yunnan Province Universities of the Diversity and Ecological Adaptive Evolution for Animals and Plants on Yungui Plateau,Qujing)

机构地区：[1]曲靖师范学院生物资源与食品工程学院/云南高原生物资源保护与利用研究中心/云南省高校云贵高原动植物多样性及生态适应性进化重点实验室,云南曲靖655011

出　　处：《南方农业学报》

基　　金：国家自然科学基金项目(31460179);云南省高校科技创新团队建设项目(云教科[2014]14号)

年　　份：2017

卷　　号：48

期　　号：9

起止页码：1691-1699

语　　种：中文

收录情况：BDHX、BDHX2014、CAB、CAS、CSCD、CSCD_E2017_2018、IC、JST、RCCSE、WOS、ZGKJHX、核心刊

摘　　要：【目的】明确桑树基因组中WRKY转录因子家族结构及其功能特征,为进一步揭示WRKY转录因子家族生物学功能提供科学依据。【方法】利用生物信息学方法对桑树WRKY转录因子的数目、类型、结构、系统进化关系、保守结构域和密码子使用偏性等进行全面分析。【结果】基于桑树全基因组蛋白数据库,共鉴定出55个桑树WRKY转录因子家族基因,占桑树基因总数(29261)的1.88%。桑树WRKY转录因子存在6种内含子数量类型及15种内含子相位类型,其中27个基因含有2个内含子,25个基因的相位类型为2-2型。保守结构域系统进化分析结果显示,桑树WRKY转录因子家族蛋白主要分为三大类(Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ),Ⅰ类可分为ⅠN和ⅠC两个亚组,Ⅱ类根据聚类情况又可分为Ⅱa、Ⅱb、Ⅱc、Ⅱd和Ⅱe等5个亚组。桑树WRKY转录因子蛋白保守结构域分析发现有五类Motif的保守性较强,桑树WRKY转录因子蛋白中均包含C端Motif 1,Ⅰ类蛋白同时含有N端Motif 3。桑树WRKY转录因子家族基因启动子区富含PBF(C2H2锌指因子)和AHL(拟南芥hook因子)元件。密码子使用偏性分析结果显示,桑树WRKY转录因子家族基因的有效密码子数(ENC)介于48.00~60.00,密码子第3位GC含量(GC3s)介于0.330~0.722,平均亲水性值(Gravy)均为负值;同义密码子相对使用度(RSCU)>1.000的密码子有29个,且以A(6个)或T(11个)结尾较G(4个)或C(8个)结尾的略多。【结论】桑树WRKY转录因子家族包含55个成员,内含子相位类型一致的同组成员可能来源于同一祖先基因,且与基因复制和基因组重排有关;蛋白序列高度保守,在植物抵御环境胁迫过程中发挥作用;基因密码子使用偏性较弱,主要受碱基突变选择压力影响。

关 键 词：桑树 WRKY转录因子 密码子使用偏性 系统进化 生物信息学

分 类 号：S888]