文献类型：期刊文章

作　　者：邵冰[1] 邵弘[1] 杜娟[2] 宋波[3] 台志艳[4] 林元龙[3] 迟宗[1] 杨颜泽[1] 王福祥[3]

SHAO Bing;SHAO Hong;DU Juan;SONG Bo;TAI Zhi-yan;LIN Yuan-long;CHI Zong;YANG Yan-ze;WANG Fu-xiang(Department of Epiderniology and Health Statistics,Public Health College of Jilin Medical University,Jilin 132013,China)

机构地区：[1]吉林医药学院公共卫生学院流行病与卫生统计教研室,吉林吉林132013 [2]吉林医药学院药学院基础化学教研室,吉林吉林132013 [3]哈尔滨医科大学附属第四医院感染科,黑龙江哈尔滨150081 [4]吉林医药学院生物医学工程学院数学教研室,吉林吉林132013

出　　处：《中国病毒病杂志》

基　　金：国家自然科学基金青年科学基金项目(81602899);吉林省科技发展计划优秀青年人才基金项目(20180520107JH);吉林省大学生创新创业训练计划项目(201713743009)

年　　份：2018

卷　　号：8

期　　号：5

起止页码：353-358

语　　种：中文

收录情况：CAB、CAS、CSA、IC、RCCSE、ZGKJHX、普通刊

摘　　要：目的探讨长链非编码LncRNA和mRNA在人类免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus,HIV)转录激活过程中的表达情况。方法从公共数据平台Gene Expression Omnibus(GEO)下载HIV相关LncRNA+mRNA基因芯片数据集GSE74818。对其中感染时间在18h和30h的芯片探针进行重新分析,筛选出HIV从整合到基因组中到转录形成成熟病毒这一过程中差异表达的LncRNA和mRNA。采用R软件Limma包分析LncRNA和mRNA基因表达谱。结果从经过归一化、过滤和去除重复探针后筛选出1 366个差异表达基因,其中LncRNA 297个,mRNA 1 069个。LncRNA中表达上调的有188个,表达下调的有109个。mRNA表达上调的有530个,有539个表达下调。对差异表达的mRNA进行GO基因富集分析发现,在生物学过程中:主要富集在核小体、染色质组装、核小体组织、负性正性基因表达调控、表观遗传、染色质沉默等条目中;在细胞组分过程中:主要富集在核染色质、蛋白-DNA复合物、核小体、DNA包装复合物等条目中;在分子功能过程中:主要富集在蛋白异二聚体激活、核小体DNA结合条目中。KEGG pathway富集分析结果显示:差异表达的mRNA主要富集在系统性红斑狼疮、类固醇生物合成、酒精中毒、病毒致肿瘤、P53信号通路等中。结论 HIV从整合到基因组到形成成熟病毒这一过程中存在LncRNA和mRNA的差异表达,差异表达的RNA主要涉及到基因的转录调控过程和免疫通路调控过程。

关 键 词：人类免疫缺陷病毒(HIV)  基因表达谱 转录复制  LncRNA  MRNA

分 类 号：R373.9]