文献类型：期刊文章

作　　者：高丽娟[1,2] 赵欣[1,2] 李建国[1,2] 徐勇[3] 张宇[1,2]

GAO Li-Juan;ZHAO Xin;LI Jian-Guo;XU Yong;ZHANG Yu(IDepartment of Physiolog;Key Laboratory for Cellular Physiology of Ministry of Education;Department of Psychiatry,First Hospital,Shanxi Medical University,Taiyuan 030001,China)

机构地区：[1]山西医科大学生理学系,太原030001 [2]山西医科大学细胞生理学教育部重点实验室,太原030001 [3]山西医科大学第一医院精神科,太原030001

出　　处：《生理学报》

基　　金：supported by the National Natural Science Foundation of China(No.81371254);the Youth Fund of Shanxi Medical University;China(No.02201608)

年　　份：2018

卷　　号：70

期　　号：4

起止页码：361-368

语　　种：中文

收录情况：BDHX、BDHX2017、BIOSISPREVIEWS、CAS、CSCD、CSCD2017_2018、EMBASE、IC、JST、PUBMED、RCCSE、SCOPUS、WOS、ZGKJHX、核心刊

摘　　要：本文旨在采用生物信息学方法筛选重度抑郁症发病机制相关基因。以美国国家生物技术信息中心(NCBI)网站GEO公共数据库中GSE98793芯片数据为研究对象,用R语言limma包筛选出116个差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),其中上调基因66个,下调基因50个。Gene Ontology(GO)基因功能注释分析结果显示,DEGs主要分布于线粒体内膜、线粒体内,参与铜离子结合、半胱氨酸肽链内切酶活性、白细胞介素-1的细胞应答、蛋白质加工等生物过程。KEGG通路富集分析结果显示,DEGs主要富集于氧化磷酸化反应、帕金森病、非酒精性脂肪肝病、阿尔茨海默病和亨廷顿氏舞蹈病等发病机制。蛋白质相互作用网络分析结果显示,54个DEGs编码的蛋白之间存在相互作用。结合上述多种方法的分析结果,UQCRC1、GZMB、NDUFB9、NSF、SLC17A5、CTSH、NDUFB10、UQCR10、ATOX1、CST7和CTSW共11个关键基因被筛选出来,可作为诊断和治疗重度抑郁症的候选基因。综上,本研究通过对重度抑郁症芯片及其DEGs进行深入分析得到关键基因,为揭示抑郁症的分子机制和临床靶向治疗提供了重要的线索。

关 键 词：GEO数据库  重度抑郁症 生物信息学

分 类 号：R749]