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基于转录组数据的银鲴微卫星位点筛选
Screening of microsatellite markers in Xenocypris argentea using transcriptome sequencing
文献类型:期刊文章
ZHAO Liang-jie;PENG Xin-liang;GUO Xu-sheng(Xinyang Agriculture and Forestry University/Fishery Biological Engineering Technology Research Center of Henan Province,Xinyang 464000,Henan,China)
机构地区:[1]信阳农林学院水产学院,河南省渔业生物工程技术研究中心,河南信阳464000
基 金:河南省科技攻关项目(162102110053)
年 份:2018
卷 号:48
期 号:4
起止页码:23-29
语 种:中文
收录情况:BDHX、BDHX2017、CSCD、CSCD2017_2018、JST、RCCSE、ZGKJHX、核心刊
摘 要:采用Illumina高通量测序技术对银鲴(Xenocypris argentea)肝脏组织进行转录组测序分析,筛选微卫星标记并进行多态性检验。共获得7 272个微卫星位点。随机选取48个4碱基以上重复类型的SSR位点进行引物设计和PCR验证,有47对可以扩增出清晰稳定的条带。在上述47个位点中随机选择26对在洞庭湖银鲴群体中进行多态性分析,结果表明,具有多态性的微卫星引物为21对。不同多态位点得到的等位基因数范围为3~15,平均基因数为7.29±3.94,观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)以及香浓-威尔指数(H)平均值分别为0.532 7±0.211 4、0.613 6±0.196 4、0.564 6±0.198 0和1.302 0±0.577 9。21个微卫星位点中,有6个显著偏离哈代-温伯格平衡(Hardy-Weinberg equilibrium,HWE)。
关 键 词:银鲴(Xenocypris argentea) 转录组测序 微卫星标记 多态性
分 类 号:S917.4[水产类]
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