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期刊文章详细信息

基于转录组数据的银鲴微卫星位点筛选    

Screening of microsatellite markers in Xenocypris argentea using transcriptome sequencing

  

文献类型:期刊文章

作  者:赵良杰[1] 彭新亮[1] 郭旭升[1]

ZHAO Liang-jie;PENG Xin-liang;GUO Xu-sheng(Xinyang Agriculture and Forestry University/Fishery Biological Engineering Technology Research Center of Henan Province,Xinyang 464000,Henan,China)

机构地区:[1]信阳农林学院水产学院,河南省渔业生物工程技术研究中心,河南信阳464000

出  处:《淡水渔业》

基  金:河南省科技攻关项目(162102110053)

年  份:2018

卷  号:48

期  号:4

起止页码:23-29

语  种:中文

收录情况:BDHX、BDHX2017、CSCD、CSCD2017_2018、JST、RCCSE、ZGKJHX、核心刊

摘  要:采用Illumina高通量测序技术对银鲴(Xenocypris argentea)肝脏组织进行转录组测序分析,筛选微卫星标记并进行多态性检验。共获得7 272个微卫星位点。随机选取48个4碱基以上重复类型的SSR位点进行引物设计和PCR验证,有47对可以扩增出清晰稳定的条带。在上述47个位点中随机选择26对在洞庭湖银鲴群体中进行多态性分析,结果表明,具有多态性的微卫星引物为21对。不同多态位点得到的等位基因数范围为3~15,平均基因数为7.29±3.94,观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)以及香浓-威尔指数(H)平均值分别为0.532 7±0.211 4、0.613 6±0.196 4、0.564 6±0.198 0和1.302 0±0.577 9。21个微卫星位点中,有6个显著偏离哈代-温伯格平衡(Hardy-Weinberg equilibrium,HWE)。

关 键 词:银鲴(Xenocypris  argentea)  转录组测序 微卫星标记 多态性

分 类 号:S917.4[水产类]

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