文献类型：期刊文章

作　　者：牛元[1] 徐琼[1] 王嵛德[1] 代立兰[1] 庄健[1] 赵亚兰[1]

NIU Yuan;XU Qiong;WANG Yu-de;DAI Li-lan;ZHUANG Jian;ZHAO Ya-lan(Lanzhou Agro-technical Research and Popularization Center, Lanzhou,Gansu 730010, China)

机构地区：[1]兰州市农业科技研究推广中心,甘肃兰州730010

出　　处：《西北林学院学报》

基　　金：甘肃省科技重大专项(1302NKDA028);兰州市科技攻关计划项目(2010-1-239;2016-3-4);兰州市科技局人才项目(2015-RC-87);甘肃省农科院院地科技合作项目(2017GAAS63)

年　　份：2018

卷　　号：33

期　　号：3

起止页码：123-130

语　　种：中文

收录情况：BDHX、BDHX2017、CSCD、CSCD_E2017_2018、JST、RCCSE、ZGKJHX、核心刊

摘　　要：以大花香水月季叶绿体基因组为研究对象,利用codonW等软件,通过分析大花香水月季叶绿体基因组54个基因密码子的使用偏性,探讨影响密码子偏好性形成的主要因素。结果表明:1)中性绘图分析显示GC3与GC12的相关系数为0.141,不显著相关,说明密码子第1、2位与第3位碱基组成变异无明显关联。2)ENC绘图分析显示,期望值曲线下方分布了大部分基因,偏性较强,而仅少量基因沿曲线分布或在曲线附近,偏性较弱。3)基于RSCU的对应性分析表明,第1轴能够解释基因总变异的10.35%,第1轴与CAI、CBI呈负显著相关。4)PR2-plot分析显示,密码子第3位碱基的使用存在偏性,嘧啶比嘌呤使用更为频繁。5)最终确定了TTT、CTT和TCA等13个最优密码子,且均以A或T结尾。综上所述,大花香水月季叶绿体基因组密码子的使用受突变影响较弱,更多地受到如选择压力等其他因素的影响。

关 键 词：大花香水月季  叶绿体基因组 GC含量 密码子使用 最优密码子  

分 类 号：S685.12]