文献类型：期刊文章

作　　者：沈慧丽[1] 李广[2] 宋晶[2] 刘翔宇[1] 冉隆科[3,4]

Shen Huili;Li Guang;Song Jing;Liu Xiangyu;Ran Longke(Academy of Pediatrics, Chongqing Medical University, Chongqing 400016;Department of hioinformatics, School of Basic Medical Sciences, Chongqing Medical University, Chongqing, 400016;Center for molecular and cancer research, Chongqing Medical University, Chongqing, 400016;Department of forensic medicine, School of Basic Medical Sciences, Chongqing Medical University, Chongqing, 400016)

机构地区：[1]重庆医科大学儿科学院,重庆400016 [2]重庆医科大学基础医学院生物信息学教研室,重庆400016 [3]重庆医科大学分子与肿瘤研究中心,重庆400016 [4]重庆医科大学基础医学院法医学教研室,重庆400016

出　　处：《基因组学与应用生物学》

基　　金：重庆市渝中区科委项目(20150107)资助

年　　份：2018

卷　　号：37

期　　号：5

起止页码：2287-2292

语　　种：中文

收录情况：AJ、BDHX、BDHX2017、CAB、CAS、CSA、CSA-PROQEUST、CSCD、CSCD2017_2018、JST、RCCSE、ZGKJHX、ZR、核心刊

摘　　要：利用生物信息学方法研究HER-2阴性乳腺癌的潜在靶向基因、信号传导通路及分子机制。从公众数据库（gene expression omnibus,GEO）下载HER-2阴性乳腺癌患者和正常女性上皮细胞基因芯片数据,运用RMA算法进行数据预处理,运用R语言LIMMA的包选出差异表达基因。将差异表达基因上传到DAVID在线网站进行富集分析,运用KEGG信号传导通路进行信号传导通路分析,最后用STRING进行蛋白相互作用网络分析（控制差异表达倍数大于2倍,p值小于0.01）,筛出差异表达基因72个（上调基因10个,下调基因62个）。差异基因富集分析结果表明富集程度高的差异基因主要与转录调节、细胞凋亡及细胞外刺激反应等密切相关,信号传导通路分析结果表明差异基因主要与MAPK信号转导通路等密切相关,蛋白共表达网络分析结果表明关键蛋白质为FOS、JUN、KLF6、ATF3、HIST2H2AA4和HIST2H2BE等。HER-2阴性的乳腺癌患者早期差异表达基因表现为下调,HIST2H2AA4和HIST2H2BE可成为其潜在靶向基因,并可作为MAPK信号传导通路中ERK1/2中FOS基因的下游基因,验证需进一步实验。

关 键 词：乳腺癌 生物信息学 差异表达基因 靶向基因 信号传导通路

分 类 号：Q811.4[生物工程类] R737.9]