文献类型：期刊文章

作　　者：丛琨[1] 杨生超[1] 张广辉[1] 刘涛[1] 梁艳丽[1]

Cong Kun;Yang Shengchao;Zhang Guanghui;Liu Tao;Liang Yanli(National-Local Joint Engineering Research Center on Gemplasm Innovation ＆ Utilization of Chinese Medicinal Materials in Southwest China, Yunnan Agricultural University, Kunming, 650201)

机构地区：[1]云南农业大学西南中药材种质创新与利用国家地方联合工程研究中心

出　　处：《基因组学与应用生物学》

基　　金：国家自然科学基金项目(81460583)资助

年　　份：2018

卷　　号：37

期　　号：5

起止页码：2034-2042

语　　种：中文

收录情况：AJ、BDHX、BDHX2017、CAB、CAS、CSA、CSA-PROQEUST、CSCD、CSCD2017_2018、JST、RCCSE、ZGKJHX、ZR、核心刊

摘　　要：本研究通过对两种黄连,即黄连（Coptis chinensis Franch.）和云南黄连（C.teeta Wall.）转录组中SSR位点信息的分析,设计SSR引物,为开发新的SSR标记提供理论基础。利用MISA工具筛选黄连及云南黄连转录组测序获得的55 903和49 741条Unigenes,对其SSR位点信息进行了分析;Primer3设计SSR引物,随机选取60对引物对两种黄连,每种20株,共40株进行多态性扩增分析。黄连和云南黄连转录组分别搜索到4 071和4 041个SSR位点。两种黄连中二核苷酸和三核苷酸重复皆是主要的类型,分别占总SSR的87.71%和87.58%。黄连中,二核苷酸重复基元出现最多的为AG/CT,共953个,占总SSR的23.40%,三核苷酸重复基元出现最多的为AAG/CTT,共746个,占总SSR的18.3%;在云黄连中,AG/CT和AAG/CTT分别为934（23.10%）和773（19.10%）。随机选取60对引物进行PCR扩增,其中12对（20.00%）表现出多态性差异。利用Populations软件作图,将40个材料分为2类。两种黄连转录组中SSR位点出现频率高,类型丰富;大量的SSR为其遗传多样性分析和遗传图谱构建提供了丰富的候选分子标记。

关 键 词：黄连 云南黄连  转录组 SSR信息  多态性

分 类 号：S567.52]