文献类型：期刊文章

作　　者：郑海霞[1] 张耀文[2] 张仙红[1] 杨美红[3]

ZHENG Hai-Xia1, ZHANG Yao-Wen2, ZHANG Xian-Hong1 YANG Mei-Hong3(1. College of Agriculture, Shanxi Agricultural University, Taigu, Shanxi 030801, China; 2. Crop Research Institute of Shanxi Academy of Agricultural Sciences, Taiyuan 030000, China ; 3. Institute of Chemical Ecology, College of Arts and Sciences. Shanxi A~ricultural University. Taizu. Shanxi 030801. Chin)

机构地区：[1]山西农业大学农学院,山西太谷030801 [2]山西省农业科学院作物研究所,太原030000 [3]山西农业大学文理学院化学生态研究所,山西太谷030801

出　　处：《昆虫学报》

基　　金：现代农业产业技术体系专项(CARS-08-G10);晋西北杂粮优质绿色关键技术研究与示范(201703D211002-8);山西农业大学博士引进人才支持计划项目(2015ZZ11);山西省自然科学基金项目(201601D011074)

年　　份：2018

卷　　号：61

期　　号：2

起止页码：168-177

语　　种：中文

收录情况：AJ、BDHX、BDHX2017、BIOSISPREVIEWS、CAB、CAS、CSA、CSA-PROQEUST、CSCD、CSCD2017_2018、JST、PROQUEST、RCCSE、SCOPUS、WOS、ZGKJHX、ZR、核心刊

摘　　要：【目的】建立绿豆象Callosobruchus chinensis触角转录组数据库,挖掘绿豆象的基因数据。【方法】采用高通量测序平台(Illumina Hiseq)对绿豆象成虫触角进行转录组测序、序列组装及生物信息学分析。【结果】共获得51.10 Gb的clean data(NCBI SRA数据库登录号:SRP119884)及83 535条unigenes,长度在1 kb以上的unigenes有15 075条,unigenes的N50为1 492 bp。使用BLAST软件将绿豆象触角Unigene序列与公共数据库比对,共注释到22 148条unigenes,其中NR数据库注释的unigenes最多,为18 744条,且与赤拟谷盗Tribolium castaneum的相似基因最多,达39.57%。通过GO数据库注释,将unigenes功能分为细胞组分、分子功能与生物学过程三大类54个分支,其中参与代谢进程以及结合与催化活性的unigenes比例较大。KEGG代谢途径分析表明,9 084条unigenes形成289条代谢通路,其中核糖体代谢通路所含unigene最多,为516条。进一步基因注释分析筛选到140个嗅觉相关基因,包括12个气味结合蛋白(odorant binding protein,OBP)基因,4个化学感受蛋白(chemosensory protein,CSP)基因,116个气味受体(odorant receptor,Or)基因,1个离子型受体(ionotropic receptor,IR)基因和7个感觉神经元膜蛋白(sensory neuron membrane protein,SNMP)基因,并用FPKM值对基因表达量进行评估。【结论】本研究获得了绿豆象触角转录组数据,为进一步研究绿豆象的基因功能分析及嗅觉感受机制奠定分子基础。

关 键 词：绿豆象 触角转录组  高通量测序  基因注释 嗅觉相关基因  

分 类 号：Q966]