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水稻纹枯病菌谷胱甘肽S-转移酶基因的生物信息学及表达分析
Bioinformatics and Expression Analysis of Glutathione S-transferase Gene in Rhizoctonia solani AG1-IA
文献类型:期刊文章
机构地区:[1]华南农业大学农学院,植物病理学系,广东省微生物信号与作物病害防控重点实验室,广东广州510642
基 金:广东省自然科学基金(博士启动)项目(2016A030310454); 国家自然科学基金项目(31271994)
年 份:2018
卷 号:33
期 号:1
起止页码:45-51
语 种:中文
收录情况:BDHX、BDHX2017、CAB、CSCD、CSCD2017_2018、JST、RCCSE、ZGKJHX、核心刊
摘 要:通过生物信息学方法及表达分析对水稻纹枯病菌谷胱甘肽S转移酶基因(Rsgst)的功能进行探索。通过水稻纹枯病菌RSIADB基因组数据库查找Rsgst序列,确定该基因在水稻纹枯病菌基因组中的精确位置。利用生物信息学软件预测Rsgst编码蛋白氨基酸序列的基本信息,并使用MEGA 5.0软件构建同源蛋白的系统发育树,最后用qRT-PCR检测Rsgst在菌核发育过程中的基因表达量,同时测定GST的酶活性。结果表明,Rsgst全长1 207 bp,该基因共编码277个氨基酸残基,其编码蛋白分子量为30.90 ku,理论等电点为9.42。该蛋白二级结构中以α-螺旋为主,占41.52%。系统发育树表明,水稻纹枯病菌GST蛋白与担子菌类玉米丝黑穗病菌GST蛋白亲缘关系最近。qRT-PCR结果表明,Rsgst在水稻纹枯病菌菌核发育过程中表达量不断上调,基因最高表达量是在第60小时,为7.64,而Rsgst的最高酶活性是在第5天,其酶活为0.375 U/μg。结果可为预测水稻纹枯病菌中Rsgst基因的功能奠定基础。
关 键 词:水稻纹枯病菌 谷胱甘肽S-转移酶 菌核发育 酶活测定 基因组定位
分 类 号:S432.1]
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