文献类型：期刊文章

作　　者：曹云[1,2] 张延召[3] 程抒劼[4] 沈文静[2] 宁露[4] 徐海根[2]

机构地区：[1]南京大学生命科学学院,江苏南京210093 [2]环境保护部南京环境科学研究所国家环境保护生物安全重点实验室,江苏南京210042 [3]洛阳师范学院生命科学学院,河南洛阳471934 [4]中国药科大学工学院,江苏南京211198

出　　处：《菌物学报》

基　　金：国家自然科学基金(31500455);中国博士后面上基金(2015M571663);国家重点研发计划(2016YFC1202103);环保部公益性行业科研专项(201409061)~~

年　　份：2017

卷　　号：36

期　　号：11

起止页码：1524-1542

语　　种：中文

收录情况：BDHX、BDHX2014、CAB、CAS、CSCD、CSCD2017_2018、IC、JST、RCCSE、ZGKJHX、核心刊

摘　　要：本研究采用生物信息学方法统计分析了云芝基因组中SSR位点的数量、分布及频率等信息,对云芝基因组中含SSR的基因进行了功能注释,与其他5种伞菌纲真菌(双孢蘑菇、黑管孔菌、红缘拟层孔菌、金针菇和鲜红密孔菌)基因组进行了比较。结果发现云芝基因组中共有1 224个SSR位点,相对丰度为27个/Mb,三核苷酸重复类型分布最频繁。其中编码基因序列中包含299个SSR,仅次于基因间区,但是在非编译区、基因间区和内含子中SSR分布更加频繁。通过与nr数据库比对,485个含SSR的基因获得注释,其中115个基因通过GO注释到分子功能、生物进程及细胞组分3类中,108个基因通过KEGG注释到新陈代谢、遗传信息处理、细胞过程和环境信息处理4类中。设计58对引物主要用于物种鉴定,另外23对引物主要用于活性物质代谢研究和辅助育种。与其他伞菌纲真菌相比,云芝所含SSR的数量及相对丰度较低,并证明SSR数量与基因组大小无关,而某些特定的重复类型与GC含量有关。本研究为云芝的种群遗传学及进化研究奠定了理论基础。

关 键 词：微卫星 简单序列重复 多孔菌目 伞菌纲  

分 类 号：S567.3]