文献类型：期刊文章

作　　者：严莉[1,2] 王翠平[2] 陈建伟[2] 乔改霞[2] 李健[2]

YAN Li;WANG CuiPing;CHEN JianWei;QIAO GaiXia;LI Jian(College of Life Science, Ningxia University, Yinchuan 750021;State Key Laboratory of Seedling Bioengineering, Ningxia Forestry Institute, Yinchuan 750004)

机构地区：[1]宁夏大学生命科学学院,银川750021 [2]宁夏林业研究院种苗生物工程国家重点实验室,银川750004

出　　处：《中国农业科学》

基　　金：国家自然科学基金(31660045);国家国际科技合作专项(2015DFA90900);宁夏自然科学基金(NZ16215)

年　　份：2017

卷　　号：50

期　　号：20

起止页码：3991-4002

语　　种：中文

收录情况：BDHX、BDHX2014、CAB、CAS、CSCD、CSCD2017_2018、GEOBASE、IC、JST、RCCSE、SCOPUS、WOS、ZGKJHX、核心刊

摘　　要：【目的】MYB基因家族是植物中最大的一类转录因子家族,广泛参与植物的生长发育和代谢调控过程。目前仍没有针对枸杞等木本作物MYB转录因子家族的系统分析。基于转录组数据鉴定分析黑果枸杞MYB基因家族,可为该类基因生物学功能和代谢调控机制的研究提供参考。【方法】基于黑果枸杞转录组测序(RNA-Seq)数据,利用NR、NT、Swiss-Prot和PFAM 4个数据库和NCBI网站,对黑果枸杞MYB基因进行筛选注释;利用Web Logo3、Prot Comp 9.0、MEGA5.0软件进行保守结构域、亚细胞定位和系统进化等生物信息学分析。基于转录组数据分析MYB基因在黑果枸杞果实不同发育期的差异表达模式,并采用荧光定量PCR方法进行验证。【结果】基于转录组测序数据,注释得到83个黑果枸杞MYB类转录因子基因,根据结构特性将其分为4大类:R2R3-MYB、1R-MYB、3R-MYB和4R-MYB。结构域分析表明:R2R3-MYB类转录因子的R2 MYB基序中包含3个极度保守的色氨酸残基,R3 MYB基序中的第一个色氨酸残基被疏水氨基酸替代。比较分析黑果枸杞MYB家族和拟南芥MYB家族共同构建的进化树发现,黑果枸杞的MYB家族在进化上包括3个大类,6个亚类。亚细胞定位预测结果显示,44个MYB转录因子定位于细胞质中,37个定位于细胞核中。基于转录组数据的MYB差异表达模式分析表明,黑果枸杞MYB基因可能参与了果实不同发育时期花青素变化的调控;基于荧光定量PCR的差异表达数据进一步验证了部分MYB转录因子在果实不同发育时期的花青素合成中可能起到调控作用。【结论】黑果枸杞MYB基因家族注释得到83个黑果枸杞MYB类转录因子基因,为进一步研究MYB家族的基因结构和生物学功能奠定了基础。

关 键 词：黑果枸杞 转录组测序 MYB家族  分层聚类分析  表达模式  

分 类 号：Q943.2[植物生产类] S567.19]