文献类型：期刊文章

作　　者：张德峰[1] 付玉荣[2] 伊正君[1]

机构地区：[1]潍坊医学院医学检验学系,山东潍坊261053 [2]潍坊医学院临床医学院病原生物学教研室

出　　处：《中国病原生物学杂志》

基　　金：国家自然科学基金项目(No.30972639);山东省自然科学基金项目(No.ZR2016HM09)

年　　份：2017

卷　　号：12

期　　号：7

起止页码：605-608

语　　种：中文

收录情况：BDHX、BDHX2014、CAB、CSCD、CSCD_E2017_2018、JST、RCCSE、ZGKJHX、核心刊

摘　　要：目的应用生物学信息分析软件预测结核分枝杆菌CarD蛋白的结构和功能。方法运用NCBI中Blast工具,将结核分枝杆菌H37Rv carD基因序列与GenBank中相似序列进行核苷酸比对;利用MEGA 6.06软件,采用邻位相连法构建N-J进化树;运用ClustalX 2.1软件,将结核分枝杆菌H37Rv CarD及与其同源性较高的分枝杆菌CarD氨基酸序列进行多重比对分析;登录ExPASy网站,运用ProtParam工具分析CarD蛋白的理化性质,运用ProtScale进行蛋白质疏水性分析,运用SignalP 4.1Server预测蛋白质信号肽,运用TMHMM Server v.2.0以及TMPred预测蛋白质跨膜螺旋区,运用SOPMA预测蛋白质二级结构,运用SWISS-MODEL进行蛋白质三级结构同源建模;运用NetPhos 3.1Server预测蛋白质磷酸化位点;运用NCBI中CDD工具预测CarD蛋白保守结构域。结果分枝杆菌carD基因序列相似度为100%,进化关系较近。H37Rv与田鼠分枝杆菌起源于同一物种,同源性较高。CarD分子在进化过程中高度保守,为稳定、亲水性蛋白,无跨膜区、无信号肽,蛋白序列中存在4个丝氨酸磷酸化位点,二级结构中以α-螺旋为主,三级结构同源建模成功。CarD蛋白是一种结合RNA聚合酶的转录调控因子,属于CarD/CdnL/TRCF家族。结论 CarD蛋白为RNA聚合酶结合蛋白,调控转录和控制结核分枝杆菌的生长。该蛋白序列保守稳定,是治疗结核病潜在的新靶标。

关 键 词：结核分枝杆菌 CARD 结构  功能  生物信息学分析

分 类 号：R378.911]