文献类型：期刊文章

作　　者：李瑶瑶[1] 刘云国[1,2] 刘凌霄[3] 刘军[1] 张亮[3] 王敏强[1]

机构地区：[1]烟台大学生命科学学院,山东烟台264005 [2]新疆大学生命科学与技术学院,新疆乌鲁木齐830046 [3]青州荣美尔生物科技有限公司,山东青州262500

出　　处：《烟台大学学报（自然科学与工程版）》

基　　金：国家自然科学基金资助项目(31560719);新疆自治区天山学者科研启动经费资助项目(45030)

年　　份：2017

卷　　号：30

期　　号：3

起止页码：191-196

语　　种：中文

收录情况：AJ、CAS、CSA、CSA-PROQEUST、MR、RCCSE、ZGKJHX、ZMATH、普通刊

摘　　要：利用生物信息学方法在产黄青霉基因组中筛选微卫星序列,并对其基因组中微卫星数量和丰度进行了研究.利用SSRHunter1.3软件在长度为30 090 464 bp的产黄青霉基因组中共找到163个微卫星序列.其中以两碱基重复类型数目最多,为133个,占重复序列总数目的 81.60%;其次是三碱基重复为29个,占17.79%;最后是四碱基1个,占0.61%.在两碱基重复序列中,AT(44.79%)重复类别最多,其次是AG(23.92%).在三碱基重复序列中,共发现9种重复类别,其中以AAG和ACT重复类型最多,为6个(3.68%),其次是ACC(2.45%),最少的是AGC(0.61%).四碱基重复中,只有1种重复类别,为ATGT(0.61%).同时选取二碱基的重复次数在7以上和三碱基的重复次数在6以上的微卫星序列,利用Primer Premier 5.0软件设计了引物,共得到30对引物.本研究不仅为后续产黄青霉微卫星标记的筛选奠定了基础,也丰富了其基因组学资源,对产黄青霉的种群遗传结构分析、分子标记选育和遗传多样性有重要意义.

关 键 词：产黄青霉 微卫星序列 生物信息学 基因组 引物  

分 类 号：Q75]