文献类型：期刊文章

作　　者：梅利那[1,2] 范付华[3] 崔博文[1,2] 文晓鹏[2]

机构地区：[1]贵州大学林学院,贵阳550025 [2]贵州大学农业生物工程研究院/山地植物资源保护与种质创新教育部重点实验室,贵阳550025 [3]贵州大学贵州省森林资源与环境研究中心,贵阳550025

出　　处：《农业生物技术学报》

基　　金：贵州省科技重大专项(No.20126011-1);贵州大学研究生创新基金(No.研农2016013)

年　　份：2017

卷　　号：25

期　　号：6

起止页码：991-1002

语　　种：中文

收录情况：BDHX、BDHX2014、CAB、CAS、CSCD、CSCD2017_2018、JST、RCCSE、UPD、ZGKJHX、核心刊

摘　　要：马尾松(Pinus massoniana)在已开发的分子标记中存在缺乏共显性的遗传标记的不足,无法满足分子标记辅助育种的需要,利用转录组数据开发SSR标记目前仍然是较为经济高效的DNA分子标记开发策略,为了全面解析马尾松种质的遗传信息,开发更多适用于马尾松的新型分子标记。本研究利用高通量测序技术开发马尾松EST-SSR标记,掌握其在转录组序列中的分布类型及特征,建立马尾松SSRPCR技术体系,并以27份马尾松无性系为材料进行验证。结果显示,在获得的70 896条基因簇(Unigene)中共检测出3 329个SSR位点,分布在3 074条Unigene上,发生频率为4.69%,平均距离为20.94 kb。马尾松转录组中优势重复基序为单核苷酸、三核苷酸和二核苷酸,分别占总SSR位点的40.16%、32.83%和20.94%。A/T、AT/AT和AAG/CTT分别是单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸的优势重复基元,分别占总SSR重复类型的97.68%、71.45%和21.70%。随机挑选合成的200对引物中,引物扩增率为78.5%。用检测获得的24对多态性较好的引物对27份马尾松进行种质鉴定,总共扩增出137个SSR标记,多态信息含量(polymorphism information content,PIC)为0.703,平均观测等位基因数(average observed number of alleles,Na)和有效等位基因数(effective number of alleles,Ne)的平均值分别为6和3.9,香农信息指数(Shannon's information index,I)和Nei's基因多样性指数(Nei's gene diversity index,H)在不同SSR位点之间分别为1.338和0.66。利用引物Pms164和Pms184可将27份无性系完全区分开:采用SSR标记人工绘制植物种质鉴别图(manual cultivar identification diagram,MCID)。供试种质的遗传相似系数为0.32~0.92,以相似系数为基础,进行了非加权组平均法(unweighted pair-group method with arithmetic means,UPGMA)聚类分析,以0.63为阈值可将供试种质分为3类。本研究基于马尾松转录组测序序列设计了一批具有高多态性潜力的SSR引物,该引物将27个�

关 键 词：马尾松 转录组 SSR标记 种质资源 多态性  

分 类 号：S722.33]