文献类型：期刊文章

作　　者：张曌楠[1] 熊翠玲[1] 徐细建[1] 黄枳腱[1] 郑燕珍[1] 骆群[2] 刘敏[1] 李汶东[1] 童新宇[1] 张琦[1] 梁勤[1] 郭睿[1] 陈大福[1]

机构地区：[1]福建农林大学蜂学学院,福州350002 [2]江西省养蜂研究所,南昌330201

出　　处：《昆虫学报》

基　　金：现代农业产业技术体系建设专项资金(CARS-45-KXJ7);福建农林大学科技发展资金(KF2015123);福建省教育厅科技项目(JA10104);福建省大学生创新创业训练计划项目(201610389053)

年　　份：2017

卷　　号：60

期　　号：1

起止页码：34-44

语　　种：中文

收录情况：AJ、BDHX、BDHX2014、BIOSISPREVIEWS、CAB、CAS、CSA、CSA-PROQEUST、CSCD、CSCD2017_2018、JST、PROQUEST、RCCSE、SCOPUS、WOS、ZGKJHX、ZR、核心刊

摘　　要：【目的】通过RNA seq技术对纯培养的蜜蜂球囊菌Ascosphaera apis孢子和球囊菌侵染的蜜蜂幼虫肠道组织进行测序,de novo组装球囊菌的参考转录组,并对其进行功能与代谢通路注释,进而基于该转录组数据开发球囊菌的SSR分子标记。【方法】首先通过差速离心获得活化的球囊菌孢子,配制含1×107孢子/m L的饲料饲喂4,5和6日龄的意大利蜜蜂Apis mellifera ligustica幼虫和中华蜜蜂Apis cerana cerana幼虫,通过Illumina Hi SeqTM2500平台同时对上述蜜蜂幼虫肠道及纯化球囊菌孢子进行深度测序,原始数据过滤后通过Trinity软件组装得到unigenes,进而通过BLASTX比对NCBI Nr,Swiss-Prot,KOG和KEGG数据库对unigenes进行功能与代谢通路注释。利用MISA软件对所有unigenes进行SSR搜索,并利用Primer Premier 5软件设计SSR特异性引物,通过PCR对不同来源的球囊菌SSR位点进行扩增。【结果】本研究共获得146 135 308条高质量reads,de novo组装得到42 609个unigenes。BLASTX比对结果显示,29 316个unigenes在上述公共数据库中具有功能和代谢通路注释。注释到法夫酵母Xanthophyllomyces dendrorhous上的unigenes最多,达6 050个。KEGG注释结果显示,unigenes可注释到117个代谢通路,其中富集在核糖体(ribosome)上的unigenes数量最多(529)。所有unigenes中共预测到7 968个SSRs,通过PCR开发出5个球囊菌SSR分子标记。【结论】本研究成功组装球囊菌的参考转录组,并进行了功能与代谢通路注释,可为在分子水平深入研究球囊菌提供重要的参考信息。基于该转录组信息开发的5个SSR分子标记可推动菌株鉴定、基因图谱构建及基因定位等研究。

关 键 词：蜜蜂球囊菌 参考转录组  RNA seq  功能与代谢通路注释  SSR

分 类 号：Q966]