文献类型：期刊文章

作　　者：胡莎莎[1] 罗洪[1] 吴琦[1] 姚慧鹏[1]

机构地区：[1]四川农业大学生命科学学院,雅安625014

出　　处：《分子植物育种》

基　　金：2013年四川省教育厅青年基金项目(13ZB0294);2015年四川农业大学生命科学学院学科建设项目;四川农业大学双支计划共同资助

年　　份：2016

卷　　号：14

期　　号：2

起止页码：309-317

语　　种：中文

收录情况：BDHX、BDHX2014、CAB、CAS、CSCD、CSCD2015_2016、JST、RCCSE、ZGKJHX、核心刊

摘　　要：本研究应用Codonw、CHIP、CUSP和SPSS软件对苦荞叶绿体基因组中38条蛋白质编码基因序列进行了偏爱性分析以及多元统计分析,获得了每个基因密码子3个位置的GC含量和ENC值以及所有基因序列的RSCU值,并与大肠杆菌、酵母、拟南芥以及水稻进行了对比分析。结果显示,苦荞叶绿体基因组基因密码子GC3含量明显低于GC2、GC1含量,表现出密码子对AT碱基结尾的偏爱性。中性绘图分析和ENC绘图分析表明苦荞叶绿体基因组的密码子偏爱性主要受选择的影响;通过和4种生物的密码子使用频率比较,发现其与大肠杆菌、水稻的密码子使用模式偏差较大,但与拟南芥、酵母的密码子使用模式相差较小,在此基础上确定了17种最优密码子。本研究分析结果对指导苦荞叶绿体基因进行分子改造,遗传转化,提高外源基因在苦荞的表达效率、新基因预测的准确性等基因工程问题具有一定的意义。

关 键 词：苦荞叶绿体  密码子偏爱性 GC ENC RSCU  最优密码子  

分 类 号：Q943.2[植物生产类]