文献类型：期刊文章

作　　者：李荣华[1] 王直亮[1] 陈静芳[1] 夏岩石[1] 郭培国[1] 张华[2] Kadambot Siddique[3]

LI Rong-hua WANG Zhi-liang CHEN Jing-fang XIA Yan-shi GUO Pei-guo ZHANG Hua and Kadambot Siddique(International Crop Research Center for Stress Resistance, College of Life Sciences, Guangzhou University, Guangzhou 510006, China Guangzhou Academy of Agricultural Sciences, Guangzhou 510308, China The Institute of Agriculture, The University of Western Australia, WA 6009, Australia)

机构地区：[1]广州大学生命科学学院作物抗逆国际合作研究中心,广州510006 [2]广州市农业科学院,广州510308 [3]西澳大利亚大学农业研究所

出　　处：《园艺学报》

基　　金：广州市属高校科技计划项目(1201420621);广州市科技计划项目(2014J4100123);广东省自然科学基金项目(2015A030310136;2015A030313500);广东高校省级重点平台和重大科研项目(2015KGJHZ015);广东省科技计划项目(2016B020201001)

年　　份：2016

卷　　号：43

期　　号：9

起止页码：1816-1824

语　　种：中文

收录情况：BDHX、BDHX2014、CAB、CAS、CSCD、CSCD2015_2016、IC、JST、RCCSE、SCOPUS、ZGKJHX、核心刊

摘　　要：利用菜薹转录组分析检测到48 975条unigene（38.17 Mb）序列数据,运用MIcro SAtellite（MISA）工具发现其中具有1-6个核苷酸重复类型的SSR位点11 879个,SSR位点发生频率为1/3.2 kb（312.5/Mb）。6种SSR位点类型中主要为1-3个核苷酸重复,占总SSR位点数的99.01%,其中单、二和三核苷酸类型分别为41.11%、28.23%和29.67%。发现重复序列的基序58个,重复次数在5-23之间,其中出现频率高的基序主要有A/T、AG/CT、AT/AT、AC/GT、AAG/CTT和AGG/CCT。重复序列长度在10-60 bp之间,大多小于20 bp,大于20 bp的仅有7.9%（938个SSR位点）。设计出676对具有潜在多态性的SSR引物组合,从中随机抽取30对引物进行PCR扩增验证其可用性,发现22对引物在4份菜薹种质中的扩增产物条带清晰稳定,其中12对引物具有多态性。

关 键 词：菜薹 转录组 SSR 可用性分析

分 类 号：S634.5]