期刊文章详细信息
基于中国樱桃转录组的SSR分子标记开发与鉴定
Development and Validation of SSR Markers Based on Transcriptomic Data of Chinese Cherry(Prunus pseudocerasus)
文献类型:期刊文章
机构地区:[1]浙江师范大学化学与生命科学学院,浙江省特色经济植物生物技术研究重点实验室,浙江金华321004 [2]金华职业技术学院农业与生物工程学院,浙江金华321007
基 金:浙江省自然科学基金项目(LQ15C150001);浙江省科技厅果品新品种选育重大专项(2012C12904-6);浙江师范大学博士基金科研项目
年 份:2016
卷 号:43
期 号:8
起止页码:1566-1576
语 种:中文
收录情况:BDHX、BDHX2014、CAB、CAS、CSCD、CSCD2015_2016、IC、JST、RCCSE、SCOPUS、ZGKJHX、核心刊
摘 要:对中国樱桃(Prunus pseudocerasus Lindl.)休眠芽转录组数据进行了SSR位点搜索和分析,发现了7 197个SSR位点,总的发生频率为15.62%。SSR重复类型以二核苷酸发生频率最高(58.65%),三核苷酸次之(34.72%)。利用8对多态性引物在24份樱桃种质中进行了引物有效性验证和遗传多样性分析,结果表明有效等位基因数最大值为2.92(Pp SSR2),最小值为1.09(Pp SSR8),平均值为1.73;香农多样性指数变化范围是0.202~1.290,平均值为0.755。观察杂合度和期望杂合度的变化范围分别是0.083~0.917和0.082~0.671;平均值分别为0.391和0.384。香农多样性指数、观察杂合度和期望杂合度3个多样性指数最大值均出现在位点Pp SSR2,最小值出现在位点Pp SSR8。基于SSR标记的24份樱桃种质的聚类结果与经典的形态学分类不完全一致,但聚类结果清晰地划分出5个不同组别,说明浙江省的中国樱桃种质资源遗传多样性丰富。两个龙泉地方品种与其他的浙江樱桃种质资源明显不同,它们与山樱和浙闽樱有着更紧密的遗传关系,该地方品种可以作为樱桃新品种选育的优良材料,有利于拓宽现有樱桃栽培品种的遗传背景。
关 键 词:中国樱桃 转录组 SSR 种质资源 遗传多样性
分 类 号:S662.5]
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