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基于转录组测序的马尔尼菲青霉菌实时荧光定量PCR内参基因筛选与鉴定
Selection and Idetification of Reference Genes for qRT-PCR in Penicillium marneffei based on RNA-Seq
文献类型:期刊文章
机构地区:[1]广西医科大学基础医学院生物化学与分子生物学教研室,南宁530021 [2]广西医科大学基础医学中心实验室,南宁530021 [3]广西高校基础医学研究重点实验室,南宁530021 [4]广西高校生物分子医学研究重点实验室,南宁530021 [5]广西医科大学基础医学院微生物学教研室,南宁530021 [6]广西医科大学第一附属医院呼吸科,南宁530021
基 金:国家自然科学基金项目(No.81160195)资助
年 份:2016
卷 号:35
期 号:5
起止页码:1042-1048
语 种:中文
收录情况:AJ、BDHX、BDHX2014、CAB、CAS、CSA、CSA-PROQEUST、CSCD、CSCD2015_2016、JST、WOS、ZGKJHX、ZR、核心刊
摘 要:马尔尼菲青霉菌是一种温度依赖性双相型条件致病真菌,可感染免疫缺陷人群,区域流行于东南亚地和我国南方,但其双相转换和致病性分子机制尚不清楚。实时荧光定量PCR是马尔尼菲青霉菌双相转换和致病性分子机制研究的重要手段,但仍缺乏用于马尔尼菲青霉菌实时荧光定量PCR标准化分析理想的内参基因。本研究根据转录组测序数据筛选了四个表达最稳定的Pfp、Rp123、FacpA、DigA基因与传统的内参基因18Sr RNA、β-actin(Act1)、β-tubulin(Btu)作为候选内参基因,用Best Keeper和ge Norm软件进行基因表达稳定性分析。结果表明FacpA和DigA基因在马尔尼菲青霉菌双相转换过程中表达最为稳定,可作为用于马尔尼菲青霉菌实时荧光定量PCR标准化分析的内参基因。
关 键 词:马尔尼菲青霉菌 内参基因 实时荧光定量PCR DigA基因 FacpA基因
分 类 号:R379]
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