文献类型：期刊文章

作　　者：李晓旭[1] 刘成[1,2] 李伟[1] 张增林[1] 高晓明[1] 周慧[1,3] 郭永峰[1]

机构地区：[1]中国农业科学院烟草研究所烟草行业基因资源利用重点实验室,青岛266101 [2]曲靖市烟草公司,曲靖655000 [3]山东中烟颐中集团,青岛266101

出　　处：《遗传》

基　　金：国家自然科学基金面上项目(编号:31571494)资助~~

年　　份：2016

卷　　号：38

期　　号：5

起止页码：444-460

语　　种：中文

收录情况：BDHX、BDHX2014、BIOSISPREVIEWS、CAB、CAS、CSCD、CSCD2015_2016、EMBASE、IC、JST、PUBMED、RCCSE、SCOPUS、WOS、ZGKJHX、核心刊

摘　　要：WUSCHEL相关的同源异型盒(WUSCHEL-related homeobox,WOX)是一类植物特异的转录因子家族,具有调控植物干细胞分裂分化动态平衡等重要功能。本研究利用番茄(Solanum lycopersicum)基因组数据,通过建立隐马尔科夫模型并进行检索,鉴定了番茄10个WOX转录因子家族成员。多序列比对发现,番茄WOX转录因子家族成员具有高度保守的同源异型结构域;以拟南芥WOX转录因子家族成员序列为参照,通过邻接法、极大似然法、贝叶斯法重建了系统发育树,三者呈现出类似的拓扑结构,番茄和拟南芥WOX转录因子家族共25个成员被分为3个进化支(Clade)和9个亚家族(Subgroup);利用MEME和GSDS对WOX转录因子家族成员的蛋白保守结构域和基因结构进行了分析,同一亚家族内的WOX转录因子家族成员的保守结构域的种类、组织形式以及基因结构具有高度的一致性;利用Perl和Orthomcl对家族成员的染色体定位和同源性关系进行分析,结果表明串联重复的Sl WOX3a和Sl WOX3b可能来源于一次复制事件;利用番茄转录组数据和q RT-PCR进行表达分析,结果显示家族成员在不同组织中的表达存在差异,暗示了WOX家族的不同成员在功能上可能具有多样性。本研究对番茄WOX转录因子家族成员进行GO(Gene Ontology)注释和比较分析,结果表明该家族成员作为转录因子,可能在组织器官发育、细胞间通讯等过程中发挥作用。

关 键 词：番茄 生物信息学分析 WOX转录因子家族  

分 类 号：Q943.2[植物生产类]