文献类型：期刊文章

作　　者：王希[1,2,3] 陈丽[1,2,3] 赵春雷[1,2,3]

机构地区：[1]中国农业科学院甜菜研究所/黑龙江大学农作物研究院,哈尔滨150080 [2]黑龙江省普通高等学校甜菜遗传育种重点实验室,哈尔滨150080 [3]中国农业科学院北方糖料作物资源与利用重点开放实验室,哈尔滨150080

出　　处：《中国农学通报》

基　　金：甜菜现代农业产业技术体系建设"种质资源评价"岗位专项资金(CARS-210101);黑龙江省教育厅科学技术研究面上项目"甜菜基因组中分子标记位点的挖掘"(12531488);黑龙江大学青年科学基金项目"甜菜基因组中SSR分子标记位点的挖掘"(QL201124)

年　　份：2016

卷　　号：32

期　　号：10

起止页码：150-156

语　　种：中文

收录情况：RCCSE、ZGKJHX、普通刊

摘　　要：为扩大MISA工具(MIcro SAtellite identification tool)的适用范围,本研究尝试用MISA对其他类型的序列进行分析,探讨关键参数对分析结果的影响。研究收集了5种类型的甜菜序列数据,探讨了不同类型序列适用的相关分析参数,以及不同参数对分析结果的影响。利用MISA工具分析了5种类型的甜菜序列,其中4种来自公共数据库,1种来自课题组前期工作。结果表明在适当的参数下,配合适当的序列库格式化处理,MISA可以应用于不同的甜菜序列类型。可分析的序列库长度上限取决于去冗余工具的要求,并影响去冗余处理的时间和结果,重复单元长度的限定参数影响位点挖掘数量和引物设计成功率,序列长度的分布范围不影响分析。应用参数调整后的脚本,从5种甜菜序列库中共挖掘出了SSR标记位点约8000个。可知MISA的应用范围可以扩展,需要调整的关键参数包括2项:序列库的长度上限与重复单元长度。建议序列长度在程序与硬件允许的情况下尽量长,重复单元长度根据研究目标调整。

关 键 词：分子标记 MISA  简单序列重复(SSR)  标记位点挖掘  

分 类 号：S188]