文献类型：期刊文章

作　　者：陈泽斌[1,2] 李冰[3] 王定康[4] 徐胜光[1] 刘佳妮[1] 余磊[1] 张永福[1] 任禛[1] 靳松[1]

机构地区：[1]昆明学院农学院,昆明650214 [2]云南省都市特色农业工程技术研究中心,昆明650214 [3]中国科学院昆明动物研究所,昆明650223 [4]昆明学院生命科学与技术系,昆明650214

出　　处：《南方农业学报》

基　　金：国家自然科学基金项目(31460491);云南省教育厅科学研究项目(2014Y390);昆明学院人才引进项目(YJL14005);云南省高校优势特色重点学科(生态学)建设项目(05000511311)

年　　份：2016

卷　　号：47

期　　号：2

起止页码：227-233

语　　种：中文

收录情况：BDHX、BDHX2014、CAB、CAS、CSCD、CSCD_E2015_2016、FSTA、IC、JST、RCCSE、WOS、ZGKJHX、ZR、核心刊

摘　　要：【目的】调查白芨内生细菌种类及多样性,为更好地保护和开发利用白芨资源提供科学依据。【方法】应用Illumina Mi Seq高通量测序技术测定白芨内生细菌的16S r DNA-V4变异区序列,应用Qiime和Mothur等软件整理和统计样品序列数目和操作分类单元(OTUs)数量,分析物种丰度及分布的差异。【结果】获得用于分析的有效序列和OTU数为49550/48;稀释曲线表明测序深度充分,OTU的数量接近于饱和。白芨内生细菌主要分布于鞘脂单胞菌属(Sphingomonas,32.26%)、地杆菌属(Pedobacter,16.13%)、盐单胞菌属(Halomonas,16.13%)、土壤杆菌属(Agrobacterium,12.90%)、Kaistobacter属(6.45%)、希瓦氏菌属(Shewanella,6.45%)、假单胞菌属(Pseudomonas,6.45%)和短波单胞菌属(Brevundimonas,3.23%)8个属。【结论】鞘脂单胞菌属、地杆菌属、盐单胞菌属和土壤杆菌属是白芨内生细菌的优势种群。Illumina Mi Seq高通量测序技术能准确反映植物内生微生物的种类组成和真实比例,在植物内生微生物研究中具有明显的优势和可行性。

关 键 词：高通量测序 白芨 内生细菌 多样性

分 类 号：Q939.5]