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基于SSR标记的杨树新品种鉴定及核心引物筛选
Identification of new Populus varieties and screening of core primers based on SSR markers
文献类型:期刊文章
Wang Shijie;Wang Xueting;Du Xiangqian;Chen Honggang;Zhang Huiqia;Yang Minsheng(College of Forestry,Agricultural University of Hebei,Baoding 071000,Hebei,China;Hengshui Forestry Bureau,Hengshui 053000,Hebei,China)
机构地区:[1]河北农业大学林学院,河北保定071000 [2]衡水市林业局,河北衡水053200
基 金:河北省农业关键共性技术攻关专项(17226321D);国家林业局科技发展中心项目(2017006)
年 份:2019
卷 号:41
期 号:7
起止页码:101-110
语 种:中文
收录情况:AJ、BDHX、BDHX2017、CAB、CAS、CSA、CSA-PROQEUST、CSCD、CSCD2019_2020、JST、RCCSE、WOS、ZGKJHX、ZR、核心刊
摘 要:【目的】利用经过长期筛选的11对SSR引物对50份杨树新品种(系)进行扩增,探究11对引物的品种鉴定能力和核心引物的筛选依据,为杨树新品种的鉴定、育种工作和核心引物的筛选工作奠定基础。【方法】使用毛细管电泳技术对扩增结果进行检测,计算等位重复序列数、Shannon信息指数和引物多态性信息指数等。按0/1矩阵记录扩增条带的有无,并通过非加权组平均法(UPGMA)进行聚类分析。计算单个引物和11对引物组合的遗传相似系数,分析遗传相似系数之间的相关性,剔除相关性较低的引物,再对剩余的引物组合进行聚类分析。【结果】11对引物共扩增出122个DNA片段,平均每对引物扩增的等位重复序列数为11.091个;不同引物PIC值的变化范围是0.530~0.908,平均值为0.803。11对引物的聚类结果显示,当支距为0.40时,参试样品可以分为2个大类;当支距为0.37时,可分为4个亚类,聚类结果与品种(系)的谱系来源基本吻合。在11对现有引物的基础上,通过分析单个引物和11对引物的遗传相似系数之间的相关性,优化得到9对核心引物。相关性分析和聚类分析表明,优化后的9对引物具有高效鉴定能力和亲缘关系聚类效果。【结论】本研究证实SSR分子标记可以有效鉴定杨树新品种,并较好反映品种之间的亲缘关系;同时,利用遗传相似系数的相关性可优化现有的引物,为杨树的育种及核心引物的筛选工作提供了参考。
关 键 词:杨树新品种 SSR标记 核心引物
分 类 号:S792.11]
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