文献类型：期刊文章

作　　者：文亚峰[1] 韩文军[2] 周宏[3] 徐刚标[2]

机构地区：[1]中南林业科技大学风景园林学院,长沙410004 [2]中南林业科技大学林学院,长沙410004 [3]广东省韶关市林业局,韶关512000

出　　处：《林业科学》

基　　金：国家自然科学基金项目(30972357);湖南省自然科学基金项目(10JJ2018)

年　　份：2015

卷　　号：51

期　　号：11

起止页码：40-49

语　　种：中文

收录情况：AJ、BDHX、BDHX2014、CAB、CAS、CSA、CSA-PROQEUST、CSCD、CSCD2015_2016、EI、IC、JST、PROQUEST、RCCSE、SCOPUS、WOS、ZGKJHX、ZR、核心刊

摘　　要：【目的】为解决杉木SSR标记数量不足、已开发的位点多态性较差等问题,以杉木转录组测序数据为基础,结合多重PCR技术批量挖掘SSR,规模化开发EST-SSR位点,为杉木分子遗传学研究奠定良好基础。【方法】杉木转录组序列数据（Accession：SRX151872）从NCBI的SRA数据库下载。利用CLC和CMi B软件批量挖掘SSR位点;利用四色荧光标记通用引物多重PCR（multiplex-PCR）技术实现SSR标记的规模化开发。【结果】杉木转录组de novo assembly序列拼接共得到35 633个contigs,总长度31.5 Mb,其中最小拼接长度155 bp,最大23 794 bp,平均长度884 bp。得到2 156个SSR位点,分布于1 822个contigs中,其中256个contigs中包含1个以上SSR位点,复合型SSR数量为118个,SSR平均分布密度为68.4个/Mb。不同SSR重复单元（motif）中,三核苷酸SSR重复单元数量最多,占总数的41.7%。批量引物设计得到1 582个有效位点的引物对,占SSR位点总数的73.4%。利用四色荧光标记通用引物多重PCR检测技术,对35个候选标记位点进行多态性检测,其中28个位点具有多态性,多态性位点比例达到80%,检测位点多态信息含量（PIC）平均值为0.573,表明所开发的EST-SSR位点具有很高的多态性。PCA分析结果表明,28个EST-SSR多态性位点具有很强的鉴别杉木不同地理种源,甚至同一种源不同单株的能力。【结论】将转录组SSRs挖掘和四色荧光标记通用引物多重PCR技术相结合,成功建立杉木EST-SSR高效开发流程和方法,得到较多高质量的EST-SSR标记位点,这些位点已用于后续杉木遗传多样性保护研究。与传统SSR标记位点开发技术相比较,转录组海量序列为高质量多态性位点的选择可提供充足的数据保证。四色荧光标记通用引物基因分型结果清晰、稳定可靠,不但试验成本仅为原来的10%-15%,而且结合多重PCR扩增技术,可使试验效率提高5-6倍。新方法的建立和应用不仅能促进杉木

关 键 词：杉木 微卫星标记 EST-SSR 转录组 序列从头拼接  

分 类 号：S718.46[林学类]